Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATATTGAAGGTGATACTTTCAAAAGAAGACTTGTCCCCTGATTTCGATATTGATGAGGTTGCTAGTATGACAAATGGATATTCTGGAAACGATCTTAAGgtaaaattcctagtaattccttttaaccttttgctatggtctgacgaaatgataagtaatgctcatatatatccatgttacatgctcttttggtgcgtgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G62130.1
intron # 24
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G62130.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 24
lower sequence: GLYMA17G13850.1 (Glycine max), 5'ss of exon 23
GATATTGAAGGTGATACTTTCAAAAGAAGACTTGTCCCCTGATTTCGATATTGATGAGGTTGCTAGTATGACAAATGGATATTCTGGAAACGATCTTAAGgtaaaattcctagtaattccttttaaccttttgctatggtctgacgaaatgataagtaatgctcatatatatccatgttacatgctcttttggtgcgtgcag
 |||||||| || |||||  ||||||| || ||||| |||||| | ||| | ||||  ||||| ||||||||  |||||||||| ||||  |||||||||||     | || ||  ||| ||||  ||| || |  || |||   |||||  | | || |  | ||  | |    || | | ||| ||| |  |||      
AATATTGAAAGTTATACTGGCAAAAGAGGAATTGTCTCCTGATGTTGATTTAGATGCAGTTGCAAGTATGACCGATGGATATTCCGGAAGTGATCTTAAGgt-----tgctggtg-ttcttttt--cctgttaccttgttcttttgaaattgttactatt--ttattca-acatttgatgcttgcccttgtactgcag----

upper sequence: AT1G62130.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 24
lower sequence: GLYMA06G17940.1 (Glycine max), 5'ss of exon 25
GATATTGAAGGTGATACTTTCAAAAGAAGACTTGTCCCCTGATTTCGATATTGATGAGGTTGCTAGTATGACAAATGGATATTCTGGAAACGATCTTAAGgtaaaattcctagtaattccttttaaccttttgctatggtctgacgaaatgataagtaatgctcatatatatccatgttacatgctcttttggtgcgtgcag
 |||||||| || ||||||  |||||| ||||||||  ||||| | ||||| ||||   |||| ||||||||  |||||||||| ||||  ||||||||||| |       |||  | | ||||||||   | || |  |      |||| | | || |||      |   | |||| |   |||||||||  |||      
AATATTGAAAGTTATACTTGAAAAAGAGGACTTGTCTTCTGATATTGATATGGATGCAATTGCAAGTATGACTGATGGATATTCCGGAAGTGATCTTAAGgttatg-----agtgttcctttttaacccaatacttttttt-----aaatta-aggttatgg----gtgccttcatgct---tgctcttttattgcag----