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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGATAGCTTCAATTCCTCTCTAGTAGCTATAGTTTCAGTCGACCCCGAAGTTATGAAAGATTGGGCTGCATCAGAAGGCATCAAGgtattatcttctaactcaatgatatcatcacttattagagactttaaaagcaatttatcaatgtgttgcaaacttttcttgatgattgtag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G27600.1
intron # 20
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G27600.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 20
lower sequence: Vv14s0128g00720.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 20
GTGATAGCTTCAATTCCTCTCTAGTAGCTATAGTTTCAGTCGACCCCGAAGTTATGAAAGATTGGGCTGCATCAGAAGGCATCAAGgt-attatcttctaactcaatgatatcatcacttattagagactttaaaagcaatttatcaatgtgttgcaaacttttcttgatgattgtag-----------
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GTGATAGCTTGAACTCCTGTTTAGTAGCCATAGTCTCAGTTGACCCAGATGTGTTGAAAGATTGGGCCACATCTGAAGCCATCAAGgtgatttctttcttatactacacccttttgaaaatgcttgcactttgagattgatctct---tgctccaggaattcttcttgatattgtttgagccttgatgt