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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGCGCATCGCTCAAGGGTTTGTGCATATGGGAAAGGGTCTCTTAACTCTCAATCCTTTCCACTCCGAACGGCTCTTGCTATCGCCgtaagttataacatatattttatgtatactttgctttcaaagctccaccttgtgaatcctaaacttgggtgttgtattttgtacctag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G28470.1
intron # 20
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125145454|gb|EL180651.1|EL180651
EST:     GGTCTCTTAACTCTCAATCCTTTCCACTCCGAACGGCTCTTGCTATCGCC                         AACCGCACTTGCTGGTATAGTGA
genomic: GGTCTCTTAACTCTCAATCCTTTCCACTCCGAACGGCTCTTGCTATCGCCgtaagttata ... ttgtacctagAACCGCACTTGCTGGTATAGTGA
EST: gi|116376321|gb|EG418913.1|EG418913
EST:     GGTCTCTTAACTCTCAATCCTTTCCACTCCGAACGGCTCTTGCTATCGCC                         AACCGCACTTGCTGGTATAGTGACATTGTTGCATGCATGCCTTGACATGAA
genomic: GGTCTCTTAACTCTCAATCCTTTCCACTCCGAACGGCTCTTGCTATCGCCgtaagttata ... ttgtacctagAACCGCACTTGCTGGTATAGTGACATTGTTGCATGCATGCCTTGACATGAA