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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGCGTATTGCTCAAGGGCTTGTGCACATGGGAAAGGGTCTCTTGACACTCAGCCCCTTCCACTCTGAACGGTTCTTGCTATCGCCgtaagttcattctttttgtcaccaatagaaccaaatcttttttgatagttggatgttcaaaggtttctcatgcggaccttatttatgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G20580.1
intron # 20
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116466338|gb|EG508930.1|EG508930
EST:     GGTCTCTTGACACTCAGCCCCTTCCACTCTGAACGGTTCTTGCTATCGCC                         AACCGCACTTGCTGGTATAGTGACACTTTTGCATGCATGCCTTGACATGAA
genomic: GGTCTCTTGACACTCAGCCCCTTCCACTCTGAACGGTTCTTGCTATCGCCgtaagttcat ... atttatgcagAACCGCACTTGCTGGTATAGTGACACTTTTGCATGCATGCCTTGACATGAA
EST: gi|86081058|gb|DR376815.1|DR376815
EST:     GGTCTCTTGACACTCAGCCCCTTCCACTCTGAACGGTTCTT-STATCGCC                         AACCGCACTTGCTGGTATAGTGACACTTTTGCATGCATGCCTTGACATGAA
genomic: GGTCTCTTGACACTCAGCCCCTTCCACTCTGAACGGTTCTTGCTATCGCCgtaagttcat ... atttatgcagAACCGCACTTGCTGGTATAGTGACACTTTTGCATGCATGCCTTGACATGAA
EST: gi|86050679|gb|DR346434.1|DR346434
EST:     GGTCTCTTGACACTCAGCCCCTTCCACTCTGAACGGTTCTTGCTATCGCC                         AACCGCACTTGCTGGTATAGTGACACTTTTGCATGCATGCCTTGACATGAA
genomic: GGTCTCTTGACACTCAGCCCCTTCCACTCTGAACGGTTCTTGCTATCGCCgtaagttcat ... atttatgcagAACCGCACTTGCTGGTATAGTGACACTTTTGCATGCATGCCTTGACATGAA
EST: gi|116466449|gb|EG509041.1|EG509041
EST:     GGTCTCTTGACACTCAGCCCCTTCCACTTTGAACGGTTCTTGCTATCGCC                         AACCGCACTTGCTGGTATAGTGACACTTTTGCATGCATGCCTTGACATGAA
genomic: GGTCTCTTGACACTCAGCCCCTTCCACTCTGAACGGTTCTTGCTATCGCCgtaagttcat ... atttatgcagAACCGCACTTGCTGGTATAGTGACACTTTTGCATGCATGCCTTGACATGAA