Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGATGACAGTTTGCTATTGAGCTTAAGGAATATTCAATACGAACTTGCTTGGGAACGTTGCAGGCAGCTTCAGGCTGAGGATGTTATTGTCAAGGCTAAGgtatgtttgaaacttgtttgctactattgtggtttctgtggttatagtttcaggaatttgattgttatgtgtag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G30510.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G30510.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv05s0077g00450.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
TGATGACAGTTTGCTATTGAGCTTAAGGAATATTCAATACGAACTTGCTTGGGAACGTTGCAGGCAGCTTCAGGCTGAGGATGTTATTGTCAAGGCTAAGgtatgtttg-------aaacttgtttgctactattgtggtttctgtggttatagttt--caggaatttgattgttatgtgtag-----------------
|||||| || ||| | ||||||||||||   || || || || ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||  |||         |||||  ||   |  |    | |||||  |  || |  |     | |  | |  |   ||  |||                   
TGATGATAGCTTGATCTTGAGCTTAAGGTCAATCCAGTATGATCTTGCATGGGAACGATGTAGACAGCTTCAGGCTGAGGATGTTGTTGTGAAGGGTAAGgtgggttcttgcacacaaactatttgattttttactttgtttccatttttgttatacagtaaggttctactcaatagatgtttttgttatataatgagtt
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124744003|gb|EH835165.1|EH835165
EST:     GGGAACGTTGCAGGCAGCTTCAGGCTGAGGATGTTATTGTCAAGGCTAAG                         GTTATTGGTGCTAACAAAGGTGGATTGGTT
genomic: GGGAACGTTGCAGGCAGCTTCAGGCTGAGGATGTTATTGTCAAGGCTAAGgtatgtttga ... ttatgtgtagGTTATTGGTGCTAACAAAGGTGGATTGGTT
EST: gi|124867907|gb|EH952344.1|EH952344
EST:     GGGAACGTTGCAGGCAGCTTCAGGCTGAGGATGTTATTGTCAAGGCTAAG                         GTTATTGGTGCTAACAAAGGTGGATTGGTTG
genomic: GGGAACGTTGCAGGCAGCTTCAGGCTGAGGATGTTATTGTCAAGGCTAAGgtatgtttga ... ttatgtgtagGTTATTGGTGCTAACAAAGGTGGATTGGTTG
EST: gi|124884449|gb|EH963351.1|EH963351
EST:     AACGTTGCAGGCAGCTTCAGGCTGAGGATGTTATTGTCAAGGCTAAG                         GTTATTGGTGCTAACAAAGGTGGATTGGTTGCTCTTGTGGAAGGTCTTCGT
genomic: AACGTTGCAGGCAGCTTCAGGCTGAGGATGTTATTGTCAAGGCTAAGgtatgtttga ... ttatgtgtagGTTATTGGTGCTAACAAAGGTGGATTGGTTGCTCTTGTGGAAGGTCTTCGT
EST: gi|125322054|gb|EL336139.1|EL336139
EST:     CAGCTTCAGGCTGAGGATGTTATTGTCAAGGCTAAG                         GTTATTGGTGCTAACAAAGGTGGATTGGTTGCTCTTGTGGAAGGTCTTCGT
genomic: CAGCTTCAGGCTGAGGATGTTATTGTCAAGGCTAAGgtatgtttga ... ttatgtgtagGTTATTGGTGCTAACAAAGGTGGATTGGTTGCTCTTGTGGAAGGTCTTCGT
EST: gi|124841998|gb|EH926435.1|EH926435
EST:     GGGAACGTTGCAGGCAGCTTCAGGCTGAGGATGTTATTGTCAAGGCTAAG                         GTTATTGGTGCTAACAAAGGTGGATTGGTTG
genomic: GGGAACGTTGCAGGCAGCTTCAGGCTGAGGATGTTATTGTCAAGGCTAAGgtatgtttga ... ttatgtgtagGTTATTGGTGCTAACAAAGGTGGATTGGTTG
EST: gi|124889686|gb|EH968588.1|EH968588
EST:     GGGAACGTTGCAGGCAGCTTCAGGCTGAGGATGTTATTGTCAAGGCTAAG                         GTTATTGGTGCTAACAAAGGTGGATTGGTTGCTCTTGTGGAAGGTCTTCG
genomic: GGGAACGTTGCAGGCAGCTTCAGGCTGAGGATGTTATTGTCAAGGCTAAGgtatgtttga ... ttatgtgtagGTTATTGGTGCTAACAAAGGTGGATTGGTTGCTCTTGTGGAAGGTCTTCG
EST: gi|124763690|gb|EH853820.1|EH853820
EST:     GGGAACGTTGCAGGCAGCTTCAGGCTGAGGATGTTATTGTCAAGGCTAAG                         GTTATTGGTGC
genomic: GGGAACGTTGCAGGCAGCTTCAGGCTGAGGATGTTATTGTCAAGGCTAAGgtatgtttga ... ttatgtgtagGTTATTGGTGC
EST: gi|163969329|gb|ES028469.1|ES028469
EST:     GGGAACGTTGCAGGCAGCTTCAGGCTGAGGATGTTATTGTCAAGGCTAAG                         GTTATTGGTGCTAACAAAGG
genomic: GGGAACGTTGCAGGCAGCTTCAGGCTGAGGATGTTATTGTCAAGGCTAAGgtatgtttga ... ttatgtgtagGTTATTGGTGCTAACAAAGG
EST: gi|47832014|gb|CK121698.1|CK121698
EST:     GGGAACGTTGCAGGCAGCTTCAGGCTGAGGATGTTATTGTCAAGGCTAAG                         GTTATTGGTGCTAACAAAGGTGGATTGGTTGCTCTTGTGGAAGGTCTTCGT
genomic: GGGAACGTTGCAGGCAGCTTCAGGCTGAGGATGTTATTGTCAAGGCTAAGgtatgtttga ... ttatgtgtagGTTATTGGTGCTAACAAAGGTGGATTGGTTGCTCTTGTGGAAGGTCTTCGT
EST: gi|124972460|gb|EL046153.1|EL046153
EST:     ATGTTATTGTCAAGGCTAAG                         GTTATTGGTGCTACCAAAGGTGGATTGGTTGCTCTTGTGGAAGGTCTTCGT
genomic: ATGTTATTGTCAAGGCTAAGgtatgtttga ... ttatgtgtagGTTATTGGTGCTAACAAAGGTGGATTGGTTGCTCTTGTGGAAGGTCTTCGT
EST: gi|124790055|gb|EH879734.1|EH879734
EST:     GGGAACGTTGCAGGCAGCTTCAGGCTGAGGATGTTNTTGTCAAGGCTAAG                         GTTATTGGTGCTAACAAAGG
genomic: GGGAACGTTGCAGGCAGCTTCAGGCTGAGGATGTTATTGTCAAGGCTAAGgtatgtttga ... ttatgtgtagGTTATTGGTGCTAACAAAGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGATGACAGTTTGCTATTGAGCTTAAGGAATATTCAATACGAACTTGCTTGGGAACGTTGCAGGCAGCTTCAGGCTGAGGATGTTATTGTCAAGGCTAAGgtatgtttgaaacttgtttgctactattgtggtttctgtggttatagtttcaggaatttgattgttatgtgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG