1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
GTATGGGTTTTATCCAGAGTAATCACTCTGTGATTATGTATAATAATACTATGATTAGTTTCAATATGATTGAGGCTGCTAGGATCAATGGGATTAAGAGgttagttagattttgttttcttcggttttcgcagtttacggtttcttaaaacaagttaaaaagattggattttttgtttgctttag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G28840.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATGATTAG-TTCAATATGATTGAGGCTGCTAGGATCAATGGGATTAAGAG GTTCTTTTATGCTTCGAGTGCTTGTAEST: gi|164162981|gb|ES187233.1|ES187233
genomic: ATGATTAGTTTCAATATGATTGAGGCTGCTAGGATCAATGGGATTAAGAGgttagttaga ... tttgctttagGTTCTTTTATGCTTCGAGTGCTTGTA
EST: GATTGAGGCTGCTAGGATCAATGGGATTAAGAG GTTCTTTTATGCTTCGAGTGCTTGTATCTATCCAGAGTTTAAGCAGTTGGAEST: gi|125255238|gb|EL269323.1|EL269323
genomic: GATTGAGGCTGCTAGGATCAATGGGATTAAGAGgttagttaga ... tttgctttagGTTCTTTTATGCTTCGAGTGCTTGTATCTATCCAGAGTTTAAGCAGTTGGA
EST: CTAGGATCAATGGGATTAAGAG GTTCTTTTATGCTTCGAGTGCTTGTATCTATCCAGAGTTTAAGCAGTTGGAEST: gi|86019686|gb|DR315432.1|DR315432
genomic: CTAGGATCAATGGGATTAAGAGgttagttaga ... tttgctttagGTTCTTTTATGCTTCGAGTGCTTGTATCTATCCAGAGTTTAAGCAGTTGGA
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genomic: CAATATGATTGAGGCTGCTAGGATCAATGGGATTAAGAGgttagttaga ... tttgctttagGTTCTTTTATGCTTCGAGTGCTTGTATCTATCCAGAGTTTAAGCAGTTGGA
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EST: ATTGAGGCTGCTAGGATCAATGGGATTAAGAG GTTCTTTTATGCTTCGAGTGCTTGTATCTATCCAGAEST: gi|116460304|gb|EG502896.1|EG502896
genomic: ATTGAGGCTGCTAGGATCAATGGGATTAAGAGgttagttaga ... tttgctttagGTTCTTTTATGCTTCGAGTGCTTGTATCTATCCAGA
EST: GATTAGTTTCAATATGATTGAGGCTGCTAGGATCAATGGGATTAAGAG GTTCTTTTATGCTTCGAGTGCTTGTATCTATCCAGAGTTTAAGCAGTTGGAEST: gi|116416033|gb|EG458625.1|EG458625
genomic: GATTAGTTTCAATATGATTGAGGCTGCTAGGATCAATGGGATTAAGAGgttagttaga ... tttgctttagGTTCTTTTATGCTTCGAGTGCTTGTATCTATCCAGAGTTTAAGCAGTTGGA
EST: ATGATTAGTTTCAATATGATTGAGGCTGCTAGGATCAATGGGATTAAGAG GTTCTTTTATGCTTCGAGTGCTTGTATCTATCCAGAGTTTAAGCAGTTGGA
genomic: ATGATTAGTTTCAATATGATTGAGGCTGCTAGGATCAATGGGATTAAGAGgttagttaga ... tttgctttagGTTCTTTTATGCTTCGAGTGCTTGTATCTATCCAGAGTTTAAGCAGTTGGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTATGGGTTTTATCCAGAGTAATCACTCTGTGATTATGTATAATAATACTATGATTAGTTTCAATATGATTGAGGCTGCTAGGATCAATGGGATTAAGAGgttagttagattttgttttcttcggttttcgcagtttacggtttcttaaaacaagttaaaaagattggattttttgtttgctttag
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