1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
TGAAAAATGGCCGATGGTGAGGATATTCAGCCACTTGTCTGTGACAATGGAACTGGAATGGTGAAGgtgagttagactgtttatttagatactgtatggttctaaccttctttgttgtacatgtgtaagactactgatcatgatttttgtatattaacag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G09810.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTGAGGATATTCAGCCACTTGTCTGTGACAATGGAACTGGAATGGTGAAG GCTGGTTTTGCTGGTGATGATEST: gi|116471446|gb|EG514038.1|EG514038
genomic: GTGAGGATATTCAGCCACTTGTCTGTGACAATGGAACTGGAATGGTGAAGgtgagttaga ... atattaacagGCTGGTTTTGCTGGTGATGAT
EST: TGAGGATATTCAGCCACTTGTCTGTGACAAATGGAACTGGAATGGTGAAG GCTGGTTTTGCTGGTGATGATGCCCCGAGAGCAGTGTTCCCAAGTATTGTTEST: gi|124792134|gb|EH881813.1|EH881813
genomic: TGAGGATATTCAGCCACTTGTCTGTGAC-AATGGAACTGGAATGGTGAAGgtgagttaga ... atattaacagGCTGGTTTTGCTGGTGATGATGCCCCGAGAGCAGTGTTCCCAAGTATTGTT
EST: ACTTGTCTGTGACAATGGAACTGGAATGGTGAAG GCTGGTTTTGCTGGTGATGATGCCCCGAGAGCAGTGTTCCCAAGTATTGTTEST: gi|47828440|gb|CK118124.1|CK118124
genomic: ACTTGTCTGTGACAATGGAACTGGAATGGTGAAGgtgagttaga ... atattaacagGCTGGTTTTGCTGGTGATGATGCCCCGAGAGCAGTGTTCCCAAGTATTGTT
EST: GTGAGGATATTCAGCCACTTGTCTGTGACAATGGAACTGGAATGGTGAAG GCTGGTTTTGCTGGTGATGATGCCCCGAGAGCAGTGTTCCCAAGTATTGTTEST: gi|124721222|gb|EH812624.1|EH812624
genomic: GTGAGGATATTCAGCCACTTGTCTGTGACAATGGAACTGGAATGGTGAAGgtgagttaga ... atattaacagGCTGGTTTTGCTGGTGATGATGCCCCGAGAGCAGTGTTCCCAAGTATTGTT
EST: TGGAACTGGAATGGCGAAG GCTGGTTTTGCTGGTGATGATGCCCCGAGAGCAGTGTTCCCAAGTATTGTTEST: gi|47829284|gb|CK118968.1|CK118968
genomic: TGGAACTGGAATGGTGAAGgtgagttaga ... atattaacagGCTGGTTTTGCTGGTGATGATGCCCCGAGAGCAGTGTTCCCAAGTATTGTT
EST: GTGAGGATATTCAGCCACTTGTCTGTGACAATGGAACTGGAATGGTGAAG GCTGGTTTTGCTGGTGATGATGCCCCGAGAGCAGTGTTCCCAAGTATTGTTEST: gi|164178938|gb|ES126737.1|ES126737
genomic: GTGAGGATATTCAGCCACTTGTCTGTGACAATGGAACTGGAATGGTGAAGgtgagttaga ... atattaacagGCTGGTTTTGCTGGTGATGATGCCCCGAGAGCAGTGTTCCCAAGTATTGTT
EST: GTGAGGATATTCAGCCACTTGTCTGTGACAATGGAACTGGAATGGTGAAG GCTGGTTTTGCTGGTGATGATG
genomic: GTGAGGATATTCAGCCACTTGTCTGTGACAATGGAACTGGAATGGTGAAGgtgagttaga ... atattaacagGCTGGTTTTGCTGGTGATGATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGAAAAATGGCCGATGGTGAGGATATTCAGCCACTTGTCTGTGACAATGGAACTGGAATGGTGAAGgtgagttagactgtttatttagatactgtatggttctaaccttctttgttgtacatgtgtaagactactgatcatgatttttgtatattaacag
- - - - - - - - - GAGGAT