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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTCACCGTCCAGAACTCTGTTCGTTTCGCTGGTCCTTTAGGTACAAACTCGATTAGCACCAACGCTAAATTCGAAATCCGAAGCCCTAAACGCGTCCAGgtaaattgaccattcatcgaccatgatctgatatcaacatcttgaaacgttttcagtaatgttttggatttcatttttcttgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G22240.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86079322|gb|DR375079.1|DR375079
EST:     CGATTAGCACCAACGCTAAATTCGAAATCCGAAGCCCTAAACGCGTCCAG                         ATTAAGTTTGAGCAAGGCGTAATTGGGACGCCTCAGCTAACGGATTCTATT
genomic: CGATTAGCACCAACGCTAAATTCGAAATCCGAAGCCCTAAACGCGTCCAGgtaaattgac ... tttcttgcagATTAAGTTTGAGCAAGGCGTAATTGGGACGCCTCAGCTAACGGATTCTATT
EST: gi|301502185|gb|HO207725.1|HO207725
EST:     CGATTAGCACCAACGCTAAATTCGAAATCCGAAGCCCTAAACGCGTCCAG                         ATTAAGTTTGAGCAAGGCGTAATTGGGACGCCTCAGCTAACGGATTCTATT
genomic: CGATTAGCACCAACGCTAAATTCGAAATCCGAAGCCCTAAACGCGTCCAGgtaaattgac ... tttcttgcagATTAAGTTTGAGCAAGGCGTAATTGGGACGCCTCAGCTAACGGATTCTATT
EST: gi|47830620|gb|CK120304.1|CK120304
EST:     CGATTAGCACCAACGCTAAATTCGAAATCCGAAGCCCTAAACGCGTCCAG                         ATTAAGTTTGAGCAAGGCGTAATTGGGACGCCTCAGCTAACGGATTCTATT
genomic: CGATTAGCACCAACGCTAAATTCGAAATCCGAAGCCCTAAACGCGTCCAGgtaaattgac ... tttcttgcagATTAAGTTTGAGCAAGGCGTAATTGGGACGCCTCAGCTAACGGATTCTATT
EST: gi|47829696|gb|CK119380.1|CK119380
EST:     CGATTAGCACCAACGCTAAATTCGAAATCCGAAGCCCTAAACGCGTCCAG                         ATTAAGTTTGAGCAAGGCGTAATTGGGACGCCTCAGCTAACGGATTCTATT
genomic: CGATTAGCACCAACGCTAAATTCGAAATCCGAAGCCCTAAACGCGTCCAGgtaaattgac ... tttcttgcagATTAAGTTTGAGCAAGGCGTAATTGGGACGCCTCAGCTAACGGATTCTATT
EST: gi|125248180|gb|EL262265.1|EL262265
EST:     AACGCTAAATTCGAAATCCGAAGCCCTAAACGCGTCCAG                         ATTAAGTTTGGGCAAGGCGTAATTGGGACGCCTCAGCTAACGGATTCTATT
genomic: AACGCTAAATTCGAAATCCGAAGCCCTAAACGCGTCCAGgtaaattgac ... tttcttgcagATTAAGTTTGAGCAAGGCGTAATTGGGACGCCTCAGCTAACGGATTCTATT
EST: gi|86081455|gb|DR377212.1|DR377212
EST:     GATTAGCACCAACGCCTAAATTCGAAATCCGAAGCCCTAAACGCGTCCAG                         ATTAAGTTTGAGCAAGGCGTAATTGGGACGCCTCAGCTAACGGATTCTATT
genomic: GATTAGCACCAACG-CTAAATTCGAAATCCGAAGCCCTAAACGCGTCCAGgtaaattgac ... tttcttgcagATTAAGTTTGAGCAAGGCGTAATTGGGACGCCTCAGCTAACGGATTCTATT
EST: gi|86081014|gb|DR376771.1|DR376771
EST:     CGATTAGCACCAACGCTAAATTCGAAATCCGAAGCCCTAAACGCGTCCAG                         ATTAAGTTTGAGCAAGGCGTAATTGGGACGCCTCAGCTAACGGATTCTATT
genomic: CGATTAGCACCAACGCTAAATTCGAAATCCGAAGCCCTAAACGCGTCCAGgtaaattgac ... tttcttgcagATTAAGTTTGAGCAAGGCGTAATTGGGACGCCTCAGCTAACGGATTCTATT
EST: gi|86081824|gb|DR377583.1|DR377583
EST:     CGATTAGCACCAACGCTAAATTCGAAATCCGAAGCCCTAAACGCGTCCAG                         ATTAAGTTTGMGCAAGGCGTAATTGGGACGCCTCAGCTAACGGATTCTATT
genomic: CGATTAGCACCAACGCTAAATTCGAAATCCGAAGCCCTAAACGCGTCCAGgtaaattgac ... tttcttgcagATTAAGTTTGAGCAAGGCGTAATTGGGACGCCTCAGCTAACGGATTCTATT