1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
AAGTTTTTGGCTTTGAATTGGATTTGGGTTTCGTTCCAAAATCAGCTCTTTTTGTTAATCAGgtgagtttttaggtatttgaatctccaattgcttccttgcaatgactaagtattgtgaaatgtttagggtttcatctgtgtgggtcttgttttgaagcaatttgtgtgtgtttggatgaaagtag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT4G20380.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTGAATTGGATTTGGGTTTCGTTCCAAAATCAGCTCTTTTTGTTAATCAG CAGATATGCAGGACCAGCTGGTGTGTCATGGTTGTAGGAATTTAEST: gi|152037987|gb|BP804959.2|BP804959
genomic: TTGAATTGGATTTGGGTTTCGTTCCAAAATCAGCTCTTTTTGTTAATCAGgtgagttttt ... atgaaagtagCAGATATGCAGGACCAGCTGGTGTGTCATGGTTGTAGGAATTTA
EST: TTGAATTGGATTTGGGTTTCGTTCCAAAATCAGCTCTTTTTGTTAATCAG CAGATATGCAGGACCAGCTGGTGTGTCATGGTTGTAGGAATTTATTGATGTEST: gi|301502089|gb|HO207629.1|HO207629
genomic: TTGAATTGGATTTGGGTTTCGTTCCAAAATCAGCTCTTTTTGTTAATCAGgtgagttttt ... atgaaagtagCAGATATGCAGGACCAGCTGGTGTGTCATGGTTGTAGGAATTTATTGATGT
EST: TTGAATTGGATTTGGGTTTCGTTCCAAAATCAGCTCTTTTTGTTAATCAG CAGATATGCAGGACCAGCTGGTGTGTCATGGTTGTAGGAATTTATTGATGTEST: gi|47830281|gb|CK119965.1|CK119965
genomic: TTGAATTGGATTTGGGTTTCGTTCCAAAATCAGCTCTTTTTGTTAATCAGgtgagttttt ... atgaaagtagCAGATATGCAGGACCAGCTGGTGTGTCATGGTTGTAGGAATTTATTGATGT
EST: TTGAATTGGATTTGGGTTTCGTTCCAAAATCAGCTCTTTTTGTTAATCAG CAGATATGCAGGACCAGCTGGTGTGTCATGGTTGTAGGAATTTATTGATGT
genomic: TTGAATTGGATTTGGGTTTCGTTCCAAAATCAGCTCTTTTTGTTAATCAGgtgagttttt ... atgaaagtagCAGATATGCAGGACCAGCTGGTGTGTCATGGTTGTAGGAATTTATTGATGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AAGTTTTTGGCTTTGAATTGGATTTGGGTTTCGTTCCAAAATCAGCTCTTTTTGTTAATCAGgtgagtttttaggtatttgaatctccaattgcttccttgcaatgactaagtattgtgaaatgtttagggtttcatctgtgtgggtcttgttttgaagcaatttgtgtgtgtttggatgaaagtag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC