Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGAAACAAAGGAAACAAATGTATCAGTGAAGATTAATTTGGATGGTCATGGAGTTTCAGATAGCTCCACTGGAATCCCTTTCCTTGATCATATGTTAGATgtaactaaacctttctccgtatcaatttgattttctgggagttgaaaatttcctcatgtttgattatttttgacattggaaagagcttaaacacttatgagtcggttcattttatatatgttgtattgaaattttatcaagtgttgtttgtgattcttttgattag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G14910.3
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124878264|gb|EH957701.1|EH957701
EST:     GAGTTTCAGATAGCTCCACTGGAATCCCTTTCCTTGATCATATGTTAGAT                         CAACTTGCTTCACATGGCTTGTTCGA
genomic: GAGTTTCAGATAGCTCCACTGGAATCCCTTTCCTTGATCATATGTTAGATgtaactaaac ... ttttgattagCAACTTGCTTCACATGGCTTGTTCGA
EST: gi|86058149|gb|DR353906.1|DR353906
EST:     GAGTTTCAGATAKCTCCACTGGAATCCCTTTCCTTGATCATATGTTAGAT                         CAACTTGCTTCACATGGCTTGTTCGATGTACACGTAAGAGCTACTGGTGAT
genomic: GAGTTTCAGATAGCTCCACTGGAATCCCTTTCCTTGATCATATGTTAGATgtaactaaac ... ttttgattagCAACTTGCTTCACATGGCTTGTTCGATGTACACGTAAGAGCTACTGGTGAT
EST: gi|164185802|gb|ES084612.1|ES084612
EST:     GAGTTTCAGATAGCTCCACTGGAATCCCTTTCCTTGATCATATGTTAGAT                         CAACTTGCTTCACATGGCTTGTTCGATGTAC
genomic: GAGTTTCAGATAGCTCCACTGGAATCCCTTTCCTTGATCATATGTTAGATgtaactaaac ... ttttgattagCAACTTGCTTCACATGGCTTGTTCGATGTAC
EST: gi|86058152|gb|DR353909.1|DR353909
EST:     GAGTTTCAGATAGCTCCACTGGAATCCCTTTCCTTGATCATATGTTAGAT                         CAACTTGCTTCACATGGCTTGTTCGATGTACACGTAAGAGCTACTGGTGAT
genomic: GAGTTTCAGATAGCTCCACTGGAATCCCTTTCCTTGATCATATGTTAGATgtaactaaac ... ttttgattagCAACTTGCTTCACATGGCTTGTTCGATGTACACGTAAGAGCTACTGGTGAT