1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
GGATTCCAAGCTGCTAAAGATTTTTTGTCAAGATTTTTAATTTAAGTTTCCTGGAGGAGGAGATCACAGATCTTCTTTTCATATGAAGAGATCTTTCCTTgtaagtctttatcaatttatctcttctttctttggacattacttagacaattccaatgctcttgtctctcaaatctggtaatatgtatatatatctttgt...
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G62110.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GAGGAGGAGATCACAGATCTTCTTTTCATATGAAGAGATCTTTCCTT CTCTTGTATGTGCTCCTGGTACAGGCCTTCTATGGGGCTTGGTGTAGTGTT
genomic: GAGGAGGAGATCACAGATCTTCTTTTCATATGAAGAGATCTTTCCTTgtaagtcttt ... gtttttgcagCTCTTGTATGTGCTCCTGGTACAGGCCTTCTATGGGGCTTGGTGTAGTGTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGATTCCAAGCTGCTAAAGATTTTTTGTCAAGATTTTTAATTTAAGTTTCCTGGAGGAGGAGATCACAGATCTTCTTTTCATATGAAGAGATCTTTCCTTgtaagtctttatcaatttatctcttctttctttggacattacttagacaattccaatgctcttgtctctcaaatctggtaatatgtatatatatctttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tctttctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtctctc