Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTTGGGTTTGACCCACTTGGACTTGGAGAAGTTCCAGCGAACCTTGAGAGATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttcaatatccaatctttgtcttatcataagggtttagtcttgttaagtttaatctaatggacttggtgggtggtgttgtag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G54890.4
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G54890.4 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA16G26130.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
CTTTGGGTTTGACCCACTTGGACTTGGAGAAGTTCCAGCGAACCTTGAGAGATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagt--ttcaatatccaatctttgtcttatcataagggttt--agtcttgttaagtttaatctaa----tggactt--ggtgggtggtgttgtag---
|||||| || ||||| ||| | ||||| ||||| |||| ||| |||||||| | |||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||   ||  ||   ||     || |  |  | ||  |||  |   | || |  |   | |  |    || ||||  | | |      ||  |    
CTTTGGATTCGACCCTCTTCGTCTTGGTGAAGTACCAGAGAATCTTGAGAGGTTCAAAGAGTCAGAACTCATTCACTGCAGATGGGCCATGCTTGCTGTTgtaagtgtctctttaaaaaacagcggtttcctttttagtctttgtaaaatagtaagatgctagcagaaacatgcacttaggatagtaaacattccatgaa

upper sequence: AT3G54890.4 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA16G26130.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
---CTTTGGGTTTGACCCACTTGGACTTGGAGAAGTTCCAGCGAACCTTGAGAGATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagt--ttcaatatccaatctttgtcttatcataagggttt--agtcttgttaagtttaatctaa----tggactt--ggtgggtggtgttgtag
   |||||| || ||||| ||| | ||||| ||||| |||| ||| |||||||| | |||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||   ||  ||   ||     || |  |  | ||  |||  |   | || |  |   | |  |    || ||||  | | |      ||  | 
TGACTTTGGATTCGACCCTCTTCGTCTTGGTGAAGTACCAGAGAATCTTGAGAGGTTCAAAGAGTCAGAACTCATTCACTGCAGATGGGCCATGCTTGCTgttgtaagtgtctctttaaaaaacagcggtttcctttttagtctttgtaaaatagtaagatgctagcagaaacatgcacttaggatagtaaacattccat

upper sequence: AT3G54890.4 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA02G07180.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
CTTTGGGTTTGACCCACTTGGACTTGGAGAAGTTCCAGCGAACCTTGAGAGATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttcaat-atccaatctttgtcttatcataag---ggtttagtcttgttaagtttaatctaatggacttggtgggtggtgttgtag---------
|||||| || ||||| ||| | ||||| ||||| |||| ||| |||||||| | |||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||| ||  |  |  ||          | ||   |    ||||||||||  |||  ||  |   |||      |      |  ||   |         
CTTTGGATTCGACCCTCTTCGTCTTGGTGAAGTACCAGAGAATCTTGAGAGGTTCAAAGAGTCAGAACTCATTCACTGCAGATGGGCCATGCTTGCTGTTgtaagtgtcttttgtaaaaaaaaaaaaaaaacagcggttttgtttagtctttgtaaaattgttaagatgctagcagaaacatgcatttaggatagtaaac

upper sequence: AT3G54890.4 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv13s0019g04140.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
CTTTGGGTTTGACCCACTTGGACTTGGAGAAGTTCCAGCGAACCTTGAGAGATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca----atatccaatctttgtcttatcataagggtttagtcttgttaagtttaatctaatgg-acttggtgggtggtgttgtag-------------------------------------------------------------------------------------------------
|||||| |||||||||||| | ||||| ||||| |||| ||| || |||||||| || || || || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    | | || |   |||  |  |    |   ||| | |  | ||| || |||    |    |||||| | ||      | |                                                                                                 
CTTTGGATTTGACCCACTTCGGCTTGGTGAAGTCCCAGAGAATCTGGAGAGATATAAGGAATCCGAACTTATCCACTGCAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttcatgcgaaaacccaaacttgggtggttgctacacttttgacgcgataacttcaattacttcctgcttggttgttgagaaaatggacgcaagaaaagaaaattgagtttcagctctacttatttttgtttttcataaagcttaaacctcaactgaaatgagatggtttctgtaattttgcag

upper sequence: AT3G54890.4 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
lower sequence: EFJ15021 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 2
CTTTGGGTTTGACCCACTTGGACTTGGAGAAGTTCCAGCGAACCTTGAGAGATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttcaatatccaatctttgtcttatcataagggtttagtcttgttaagtttaatctaatggacttggtgggtggtgttgtag
|||||| || || ||||| ||||||||||||||||| |  ||||| ||  ||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || ||||||  |  |    ||  ||| |||  |     | || | |  |  | ||| ||  |    ||   |  |               
CTTTGGATTCGATCCACTGGGACTTGGAGAAGTTCCCGACAACCTGGAACGATTCAAGGAGTCAGAGCTCATCCACTGCAGATGGGCAATGCTGGCAGTCgtaagtacc--tgggaaacgtttttctcgtagattgtgtgtgga-tcctcaagctttgtgcgctgctttcag---------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164235070|gb|ES158833.1|ES158833
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTA
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTA
EST: gi|124994999|gb|EL067268.1|EL067268
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACT
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACT
EST: gi|116463834|gb|EG506426.1|EG506426
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125003807|gb|EL076076.1|EL076076
EST:     TAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125241023|gb|EL255108.1|EL255108
EST:     CTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: CTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124998461|gb|EL070730.1|EL070730
EST:     CTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: CTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125117839|gb|EL166804.1|EL166804
EST:     AAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: AAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124820943|gb|EH905809.1|EH905809
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATAT
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATAT
EST: gi|164068879|gb|ES124456.1|ES124456
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACC
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACC
EST: gi|125069738|gb|EL135408.1|EL135408
EST:     TAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125227104|gb|EL241189.1|EL241189
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGTATTTTGGTACCAGAAGCA
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGG-ATTTTGGTACCAGAAGCA
EST: gi|125096451|gb|EL153249.1|EL153249
EST:     CCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: CCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125024023|gb|EL096292.1|EL096292
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAA
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAA
EST: gi|164219022|gb|ES110084.1|ES110084
EST:     ATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAANGGC
genomic: ATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAA-GGC
EST: gi|124790883|gb|EH880562.1|EH880562
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAA
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAA
EST: gi|125025796|gb|EL098065.1|EL098065
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCA
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCA
EST: gi|125230698|gb|EL244783.1|EL244783
EST:     ATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: ATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124711578|gb|EH802980.1|EH802980
EST:     AGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAG
genomic: AGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAG
EST: gi|125269392|gb|EL283477.1|EL283477
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCA
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCA
EST: gi|124815361|gb|EH900227.1|EH900227
EST:     CTCATCCACTGTAGATGGGCTATTGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: CTCATCCACTGTAGATGGGCTA-TGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124845313|gb|EH929750.1|EH929750
EST:     AGTCAGAGCTCATCCACTGTAGTATTGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: AGTCAGAGCTCATCCACTGTAG-A-TGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125073150|gb|EL137589.1|EL137589
EST:     TGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCGTTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125288149|gb|EL302234.1|EL302234
EST:     CTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGC
genomic: CTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGA-TTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGC
EST: gi|125043178|gb|EL115447.1|EL115447
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGC
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGC
EST: gi|124717769|gb|EH809171.1|EH809171
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCA
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCA
EST: gi|124984186|gb|EL056860.1|EL056860
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACT
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACT
EST: gi|125137631|gb|EL177476.1|EL177476
EST:     CTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: CTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125277781|gb|EL291866.1|EL291866
EST:     TCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125143826|gb|EL180006.1|EL180006
EST:     CTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: CTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124862962|gb|EH947399.1|EH947399
EST:     TGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGC
genomic: TGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGG-TACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGC
EST: gi|124873602|gb|EH955247.1|EH955247
EST:     TCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|164225186|gb|ES176305.1|ES176305
EST:     TGCTCGCTGTT                         CCTGGGA-TTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125265886|gb|EL279971.1|EL279971
EST:     TAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125243667|gb|EL257752.1|EL257752
EST:     TGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125089240|gb|EL147682.1|EL147682
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAA
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAA
EST: gi|124899932|gb|EH974550.1|EH974550
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGG
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGG
EST: gi|125300977|gb|EL315062.1|EL315062
EST:     GAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAG
genomic: GAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAG
EST: gi|124902441|gb|EH976521.1|EH976521
EST:     CCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: CCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|86077674|gb|DR373431.1|DR373431
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124752030|gb|EH842160.1|EH842160
EST:     ATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: ATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|164018486|gb|ES056713.1|ES056713
EST:     GTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGC
genomic: GTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGC
EST: gi|124892170|gb|EH971072.1|EH971072
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGG
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGG
EST: gi|124866593|gb|EH951030.1|EH951030
EST:     GAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGA
genomic: GAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGA
EST: gi|124890608|gb|EH969510.1|EH969510
EST:     AGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCGTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: AGAGCTCATCCACTGTAGATGGGC-TATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124777559|gb|EH867502.1|EH867502
EST:     TCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATNTGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125277563|gb|EL291648.1|EL291648
EST:     CCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAAGGA
genomic: CCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAA-GG-
EST: gi|125181735|gb|EL197726.1|EL197726
EST:     TACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|116462138|gb|EG504730.1|EG504730
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125268202|gb|EL282287.1|EL282287
EST:     ATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTAGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAG
genomic: ATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCT-GTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAG
EST: gi|125027112|gb|EL099381.1|EL099381
EST:     TCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125246533|gb|EL260618.1|EL260618
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGG
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGG
EST: gi|125220314|gb|EL234399.1|EL234399
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGG
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGG
EST: gi|125114072|gb|EL164652.1|EL164652
EST:     TCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124779400|gb|EH869343.1|EH869343
EST:     AGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: AGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125124301|gb|EL170331.1|EL170331
EST:     CTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: CTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125051360|gb|EL123629.1|EL123629
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGG
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGG
EST: gi|125150486|gb|EL183109.1|EL183109
EST:     CAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGC
genomic: CAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGC
EST: gi|164167220|gb|ES183181.1|ES183181
EST:     ATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: ATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125225969|gb|EL240054.1|EL240054
EST:     AGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: AGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124827278|gb|EH912144.1|EH912144
EST:     CTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAGACTGGGTTAAGGCT
genomic: CTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124843700|gb|EH928137.1|EH928137
EST:     CAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCA
genomic: CAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCA
EST: gi|125032108|gb|EL104377.1|EL104377
EST:     TGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCGTTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125267615|gb|EL281700.1|EL281700
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAG
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAG
EST: gi|125305825|gb|EL319910.1|EL319910
EST:     AGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: AGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124747568|gb|EH837698.1|EH837698
EST:     ACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: ACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125308195|gb|EL322280.1|EL322280
EST:     ATACAAAGAAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGG
genomic: ATACAAAG-AGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGG
EST: gi|164007093|gb|ES180836.1|ES180836
EST:     TACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124855888|gb|EH940325.1|EH940325
EST:     AGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTT
genomic: AGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTT
EST: gi|116462155|gb|EG504747.1|EG504747
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124792076|gb|EH881755.1|EH881755
EST:     GAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: GAGCTCATCCACTGTAGATGGGC-TATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|124800267|gb|EH889932.1|EH889932
EST:     CAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGG
genomic: CAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGG
EST: gi|125129253|gb|EL173129.1|EL173129
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAA
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAA
EST: gi|125174869|gb|EL195342.1|EL195342
EST:     TGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
genomic: TGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAACTGGGTTAAGGCT
EST: gi|125300830|gb|EL314915.1|EL314915
EST:     GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTT                         CCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAA
genomic: GATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttca ... ggtgttgtagCCTGGGATTTTGGTACCAGAAGCATTAGGATATGGAAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTTTGGGTTTGACCCACTTGGACTTGGAGAAGTTCCAGCGAACCTTGAGAGATACAAAGAGTCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTCGCTGTTgtaagtttcaatatccaatctttgtcttatcataagggtttagtcttgttaagtttaatctaatggacttggtgggtggtgttgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT