Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGAAACACAAATACAGTGGTGTTGATCACTCTTATCTTGCCAAATATGTTCTCCAACCTTTTTGGAACCGTTTTGTCAAAATCTTCCCTCTATGGATGCCgtaagtatcttaaagatctcctagtttcttggtttgatgaaagattggactaacgttttcgttttttctttccatgtgggctctttgtgatccacgtacag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G25585.4
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116380604|gb|EG423196.1|EG423196
EST:     CTCCAACCTTTTTGGAACCGTTTTGTCAAAATCTTCCCTCTATGGATGCC                         CCCCAACATG
genomic: CTCCAACCTTTTTGGAACCGTTTTGTCAAAATCTTCCCTCTATGGATGCCgtaagtatct ... ccacgtacagCCCCAACATG
EST: gi|116380598|gb|EG423190.1|EG423190
EST:     CTCCAACCTTTTTGGAACCGTTTTGTCAAAATCTTCCCTCTATGGATGCC                         CCCCAACATG
genomic: CTCCAACCTTTTTGGAACCGTTTTGTCAAAATCTTCCCTCTATGGATGCCgtaagtatct ... ccacgtacagCCCCAACATG
EST: gi|124923722|gb|EL001883.1|EL001883
EST:     CTCCAACCTTTTTGGAACCGTTTTGTCAAAATCTTCCCTCTATGGATGCC                         CCC-AACATG
genomic: CTCCAACCTTTTTGGAACCGTTTTGTCAAAATCTTCCCTCTATGGATGCCgtaagtatct ... ccacgtacagCCCCAACATG
EST: gi|116466773|gb|EG509365.1|EG509365
EST:     CTCCAACCTTTTTGGAACCGTTTTGTCAAAATCTTCCCTCTATGGATGCC                         CCCCAACATG
genomic: CTCCAACCTTTTTGGAACCGTTTTGTCAAAATCTTCCCTCTATGGATGCCgtaagtatct ... ccacgtacagCCCCAACATG