1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GATGGTGAGGTTTGGACTTTCACTGTTAGAGCTTTTGATTCTTCTCGTCCTGAACGTACCATTAGTGTTAGCTACGATGGTTTCGCTGAAGgtatatgcaattatgtttatgtaaaagtggaagtgaaaacattagatgaatattatggtgactgcgtatgaaataggaatcatttggtctttgtgtgtggtgtag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G22960.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTCTCGTCCTGAACGTACCATTAGTGTTAGCTACGATGGTTTCGCTGAAG ATGTAAGAGTTGGGGATGAACTTTTGGTTGATGGTGGGATGGTGEST: gi|125225769|gb|EL239854.1|EL239854
genomic: TTCTCGTCCTGAACGTACCATTAGTGTTAGCTACGATGGTTTCGCTGAAGgtatatgcaa ... tgtggtgtagATGTAAGAGTTGGGGATGAACTTTTGGTTGATGGTGGGATGGTG
EST: CTACGATGGTTTCGCTGAAG ATGTAAGAGTTGGGGATGAACTTTTGGTTGATGGTGGGATGGTGAGATTTGEST: gi|124795094|gb|EH884773.1|EH884773
genomic: CTACGATGGTTTCGCTGAAGgtatatgcaa ... tgtggtgtagATGTAAGAGTTGGGGATGAACTTTTGGTTGATGGTGGGATGGTGAGATTTG
EST: GTACCATTAGTGTTAGCTACGATGGTTTCGCTGAAG ATGTAAGAGTTGGGGATGAACTTTTGGTTGATGGTGGGATGGEST: gi|47830818|gb|CK120502.1|CK120502
genomic: GTACCATTAGTGTTAGCTACGATGGTTTCGCTGAAGgtatatgcaa ... tgtggtgtagATGTAAGAGTTGGGGATGAACTTTTGGTTGATGGTGGGATGG
EST: TTCTCGTCCTGAACGTACCATTAGTGTTAGCTACGATGGTTTCGCTGAAG ATGTAAGAGTTGGGGATGAACTTTTGGTTGATGGTGGGATGGTGAGATTTG
genomic: TTCTCGTCCTGAACGTACCATTAGTGTTAGCTACGATGGTTTCGCTGAAGgtatatgcaa ... tgtggtgtagATGTAAGAGTTGGGGATGAACTTTTGGTTGATGGTGGGATGGTGAGATTTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GATGGTGAGGTTTGGACTTTCACTGTTAGAGCTTTTGATTCTTCTCGTCCTGAACGTACCATTAGTGTTAGCTACGATGGTTTCGCTGAAGgtatatgcaattatgtttatgtaaaagtggaagtgaaaacattagatgaatattatggtgactgcgtatgaaataggaatcatttggtctttgtgtgtggtgtag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG