Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATGCACCGGGTTGGAAGTGCCGGCAGTAATGGCGGTTCTGTTCGCACTCGCAAAGAGAAAAAGCTTACTTATGTGTTAAATGATGCCAACGATACAAAGgttagtttttttacaccaatatggtttattgccatcaggagttgtgttactctttgtttgatttattttctagttccttcgtattatacattaagacatgacttgaaatagtttgaagttataagacatctccttctcaactcaatcctgatgatgttcttcttatgttatttgcaagctgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G05090.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116407306|gb|EG449898.1|EG449898
EST:     GCAAAGAGAAAAAGCTTACTTATGTGTTAAATGATGCCAACGATACAAAG                         CATTGTGCTGGCATAAATTGCTTGGATGTGTTGAAGTCGTCTGTTTCTAAT
genomic: GCAAAGAGAAAAAGCTTACTTATGTGTTAAATGATGCCAACGATACAAAGgttagttttt ... caagctgcagCATTGTGCTGGCATAAATTGCTTGGATGTGTTGAAGTCGTCTGTTTCTAAT
EST: gi|116407304|gb|EG449896.1|EG449896
EST:     GCAAAGAGAAAAAGCTTACTTATGTGTTAAATGATGCCAACGATACAAAG                         CATTGTGCTGGCATAAATTGCTTGGATGTGTTGAAGTCGTCTGTTTCTAAT
genomic: GCAAAGAGAAAAAGCTTACTTATGTGTTAAATGATGCCAACGATACAAAGgttagttttt ... caagctgcagCATTGTGCTGGCATAAATTGCTTGGATGTGTTGAAGTCGTCTGTTTCTAAT
EST: gi|116449111|gb|EG491703.1|EG491703
EST:     GCAAAGAGAAAAAGCTTACTTATGTGTTAAATGATGCCAACGATACAAAG                         CATTGTGCTGGCATAAATTGCTTGGATGTGTTGAAGTCGTCTGTTTCTAAT
genomic: GCAAAGAGAAAAAGCTTACTTATGTGTTAAATGATGCCAACGATACAAAGgttagttttt ... caagctgcagCATTGTGCTGGCATAAATTGCTTGGATGTGTTGAAGTCGTCTGTTTCTAAT
EST: gi|116407303|gb|EG449895.1|EG449895
EST:     GCAAAGAGAAAAAGCTTACTTATGTGTTAAATGATGCCAACGATACAAAG                         CATTGTGCTGGCATAAATTGCTTGGATGTGTTGAAGTCGTCTGTTTCTAAT
genomic: GCAAAGAGAAAAAGCTTACTTATGTGTTAAATGATGCCAACGATACAAAGgttagttttt ... caagctgcagCATTGTGCTGGCATAAATTGCTTGGATGTGTTGAAGTCGTCTGTTTCTAAT
EST: gi|116407307|gb|EG449899.1|EG449899
EST:     GCAAAGAGAAAAAGCTTACTTATGTGTTAAATGATGCCAACGATACAAAG                         CATTGTGCTGGCATAAATTGCTTGGATGTGTTGAAGTCGTCTGTTTCTAAT
genomic: GCAAAGAGAAAAAGCTTACTTATGTGTTAAATGATGCCAACGATACAAAGgttagttttt ... caagctgcagCATTGTGCTGGCATAAATTGCTTGGATGTGTTGAAGTCGTCTGTTTCTAAT
EST: gi|86063685|gb|DR359442.1|DR359442
EST:     GCAAAGAGAAAAAGCTTACTTATGTGTTAAATGATGCCAACGATACAAAG                         CATTGTGCTGGCATAAATTGCTTGGATGTGTCTGAAGTCGTCTGTTTCTAA
genomic: GCAAAGAGAAAAAGCTTACTTATGTGTTAAATGATGCCAACGATACAAAGgttagttttt ... caagctgcagCATTGTGCTGGCATAAATTGCTTGGATGTGT-TGAAGTCGTCTGTTTCTAA
EST: gi|125089532|gb|EL147862.1|EL147862
EST:     GCAAAGAGAAAAAGCTTACTTATGTGTTAAATGATGCCAACGATACAAAG                         CATTGTGCTGGCATAAATTGCTTGGATGTGTTGA
genomic: GCAAAGAGAAAAAGCTTACTTATGTGTTAAATGATGCCAACGATACAAAGgttagttttt ... caagctgcagCATTGTGCTGGCATAAATTGCTTGGATGTGTTGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AATGCACCGGGTTGGAAGTGCCGGCAGTAATGGCGGTTCTGTTCGCACTCGCAAAGAGAAAAAGCTTACTTATGTGTTAAATGATGCCAACGATACAAAGgttagtttttttacaccaatatggtttattgccatcaggagttgtgttactctttgtttgatttattttctagttccttcgtattatacattaagacatgacttgaaatagtttgaagttataagacatctccttctcaactcaatcctgatgatgttcttcttatgttatttgcaagctgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGA