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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGAGATAAGTTCATCCTGACAACATGGAGACCAAGAATGAGAATTCTGATGTTTCACGGGCAGAGGAGTTTAAAAGTCAGGCCAACGAAGCTTTTAAAGgtgtgtaatttatcataaacctttacataatcttgtggcatcagtttatttcaactcttttagtgaggtactcctatctttttgcttaatgttgtttgttgcttacag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G42810.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86073690|gb|DR369447.1|DR369447
EST:     TGTTTCACGGGCAGAGGAGTTTAAAAGTCAGGCCAACGAAGCTTTTAAAG                         GTCACAAATACTCCAGTGCTATTGATCTATATACAAAAGCTATTGAACTCA
genomic: TGTTTCACGGGCAGAGGAGTTTAAAAGTCAGGCCAACGAAGCTTTTAAAGgtgtgtaatt ... ttgcttacagGTCACAAATACTCCAGTGCTATTGATCTATATACAAAAGCTATTGAACTCA
EST: gi|125064723|gb|EL132247.1|EL132247
EST:     TGTTTCACGGGCAGAGGAGTTTAAAAGTCAGGCCAACGAAGCTTTTAAAG                         GTCACAAATACTCCAGTGCTATTG
genomic: TGTTTCACGGGCAGAGGAGTTTAAAAGTCAGGCCAACGAAGCTTTTAAAGgtgtgtaatt ... ttgcttacagGTCACAAATACTCCAGTGCTATTG
EST: gi|86073689|gb|DR369446.1|DR369446
EST:     TGTTTCACGGGCAGAGGAGTTTAAAAGTCAGGCCAACGAAGCTTTTAAAG                         GTCACAAATACTCCAGTGCTATTGATCTATATACAAAAGCTATTGAACTCA
genomic: TGTTTCACGGGCAGAGGAGTTTAAAAGTCAGGCCAACGAAGCTTTTAAAGgtgtgtaatt ... ttgcttacagGTCACAAATACTCCAGTGCTATTGATCTATATACAAAAGCTATTGAACTCA
EST: gi|125033817|gb|EL106086.1|EL106086
EST:     TGTTTCACGGGCAGAGGAGTTTAAAAGTCAGGCCAACGAAGCTTTTAAAG                         GTCACAAATACTCCAGTGCTATTGATCTATATACAAAAGCTAT
genomic: TGTTTCACGGGCAGAGGAGTTTAAAAGTCAGGCCAACGAAGCTTTTAAAGgtgtgtaatt ... ttgcttacagGTCACAAATACTCCAGTGCTATTGATCTATATACAAAAGCTAT
EST: gi|164203938|gb|ES175004.1|ES175004
EST:     GGCCAACGAAGCTTTTAAAG                         GTCACAAATACTCCAGTGCTATTGATCTATATACAAAAGCTATTGAACTCA
genomic: GGCCAACGAAGCTTTTAAAGgtgtgtaatt ... ttgcttacagGTCACAAATACTCCAGTGCTATTGATCTATATACAAAAGCTATTGAACTCA
EST: gi|86073688|gb|DR369445.1|DR369445
EST:     TGTTTCACGGGCAGAGGAGTTTAAAAGTCAGGCCAACGAAGCTTTTAAAG                         GNCACAAATACTCCAGTGCTATTGATCTATATACAAAAGCTATTGAACTCA
genomic: TGTTTCACGGGCAGAGGAGTTTAAAAGTCAGGCCAACGAAGCTTTTAAAGgtgtgtaatt ... ttgcttacagGTCACAAATACTCCAGTGCTATTGATCTATATACAAAAGCTATTGAACTCA
EST: gi|152035616|gb|BP859235.2|BP859235
EST:     TGTTTCACGGGCAGAGGAGTTTAAAAGTCAGGCCAACGAAGCTTTTAAAG                         GTCACAAATACTCCAGTGCTATTGATCTATATACAAAAGCTATTGAACTCA
genomic: TGTTTCACGGGCAGAGGAGTTTAAAAGTCAGGCCAACGAAGCTTTTAAAGgtgtgtaatt ... ttgcttacagGTCACAAATACTCCAGTGCTATTGATCTATATACAAAAGCTATTGAACTCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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AAGAGATAAGTTCATCCTGACAACATGGAGACCAAGAATGAGAATTCTGATGTTTCACGGGCAGAGGAGTTTAAAAGTCAGGCCAACGAAGCTTTTAAAGgtgtgtaatttatcataaacctttacataatcttgtggcatcagtttatttcaactcttttagtgaggtactcctatctttttgcttaatgttgtttgttgcttacag

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