Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACGATTATAGAGTGTTTAAAGGTGTCTTGTACCGGAGAGTTGCCACCGAACGCGAGGTCTGGTCATAGCTTCATTCATGACCCTAAGgtaagtctctagttagattctcaattcttacctaatttcatgtttctgttgttgatgaatgtggaattcaggattcgatttcgccttatagtagtattcagattgaaatttcattggttcctactatatag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G31970.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G31970.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv05s0029g00260.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
ACGATTATAGAGTGTTTAAAGGTGTCTTGTACCGGAGAGTTGCCACCGAACGCGAGGTCTGGTCATAGCTTCATTCATGACCCTAAGgtaagtctctagttagattctcaattcttacctaatttcatgtttctgttgttgatgaatgtggaattcaggattcgatttcgccttatagtagtattcagattgaaatttcattggttcctactatatag
|| ||||| |||||||| ||| | || ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || ||||| ||||| || |||||    ||||   |  | ||     | |   ||| |||  | | ||| ||  |         ||  ||     ||| |  ||   ||     |     | |     | | |  ||                
ACCATTATCGAGTGTTTGAAGCTTTCATGTACCGGAGAGTTGCCTCCTAACGCAAGGTCTGGTCACAGTTTCATCCATGATCCCAAGgt----ctctttctccactcgagggttt---ctatttttctctctctctttat--------cgggttttttccttcaacctctttttggttcatggccccggaaacattcttctt----------------