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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGGGGAAATATGGAGTTAATGTGCCGAAAGGAGTAGCTGCTTCTTCGTTGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcagtgagggattcgattctaatctctattattagttgttgtctaattgaaagagtgtcattttcgtgtgatacag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G20420.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86045994|gb|DR341749.1|DR341749
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
EST: gi|116411794|gb|EG454386.1|EG454386
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
EST: gi|116476127|gb|EG518719.1|EG518719
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
EST: gi|152035908|gb|BP864425.2|BP864425
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
EST: gi|86046006|gb|DR341761.1|DR341761
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
EST: gi|86045986|gb|DR341741.1|DR341741
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
EST: gi|124917498|gb|EH991372.1|EH991372
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATT
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTT-GTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATT
EST: gi|86045996|gb|DR341751.1|DR341751
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
EST: gi|86045998|gb|DR341753.1|DR341753
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
EST: gi|86046004|gb|DR341759.1|DR341759
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
EST: gi|86046000|gb|DR341755.1|DR341755
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
EST: gi|86046001|gb|DR341756.1|DR341756
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGNGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
EST: gi|86046003|gb|DR341758.1|DR341758
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
EST: gi|86046005|gb|DR341760.1|DR341760
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
EST: gi|86045999|gb|DR341754.1|DR341754
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGTTAAGAGCCANATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
EST: gi|86045983|gb|DR341738.1|DR341738
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGTTAATAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
EST: gi|86045988|gb|DR341743.1|DR341743
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCACGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
EST: gi|124886879|gb|EH965781.1|EH965781
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTG
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTG
EST: gi|152034140|gb|BP868525.2|BP868525
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
EST: gi|86045992|gb|DR341747.1|DR341747
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCCAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGTTAAAAGCCA
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCA
EST: gi|86045982|gb|DR341737.1|DR341737
EST:     TGGAANAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGNTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
EST: gi|86045991|gb|DR341746.1|DR341746
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGTTAATAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
EST: gi|86045985|gb|DR341740.1|DR341740
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
EST: gi|152035934|gb|BP865151.2|BP865151
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTGGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATCC
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
EST: gi|86046002|gb|DR341757.1|DR341757
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         G
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacag-
EST: gi|86046002|gb|DR341757.1|DR341757
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         G
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacag-
EST: gi|86045984|gb|DR341739.1|DR341739
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
EST: gi|86045989|gb|DR341744.1|DR341744
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
EST: gi|86045990|gb|DR341745.1|DR341745
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
EST: gi|116485864|gb|EG528456.1|EG528456
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
EST: gi|86045995|gb|DR341750.1|DR341750
EST:     TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAG                         TTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC
genomic: TGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcag ... tgtgatacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GATGGGGAAATATGGAGTTAATGTGCCGAAAGGAGTAGCTGCTTCTTCGTTGGAAGAAGTTAAAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGgtaaattcagtgagggattcgattctaatctctattattagttgttgtctaattgaaagagtgtcattttcgtgtgatacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG