Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGATGGTTTTAGAATGAATCAGATCCTTGTTGGGTTATGGTACATCATGGGTTTGTGGCCTTTGGTTTATGCCATGCTCTTGCTTCCCACTGGTACAAGgtaccatccatagtttgttcaagtgaagctcttttaggaacttcaaacactaactaatagagctctttgttggacag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G04360.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G04360.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv12s0057g01260.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
ATGATGGTTTTAGAATGAATCAGATCCTTGTTGGGTTATGGTACATCATGGGTTTGTGGCCTTTGGTTTATGCCATGCTCTTGCTTCCCACTGGTACAAGgtaccatccatagtttgttcaagtgaagctcttttaggaacttcaaacactaactaataga-gctctttgttggacag--------------------------
||||||| || || |||||| |  | |||||     | ||||||||||||||||||||||| ||||| |||  ||||||  ||||||| || |||| |||||||| ||   |   || |||  | ||  ||   |     | | | |   | | | ||| | | | | |  ||  |                            
ATGATGGGTTCAGGATGAATGATGTGCTTGTGTCTCTGTGGTACATCATGGGTTTGTGGCCCTTGGTGTATAGCATGCTACTGCTTCCAACCGGTAGAAGgtaccttctgcacactgatca--ttaa--tcccatgaccccctaatatgttgattgatacatgttttcttctgttctagcaaaatgatagggtcagtttagaat
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125287163|gb|EL301248.1|EL301248
EST:     CTTCCCACTGGTACAAG                         TAAAACACCGGCTTGGCCTTTCGTTGTGCTTTCCTTTTTCGGTGGTGTTTA
genomic: CTTCCCACTGGTACAAGgtaccatcca ... tgttggacagTAAAACACCGGCTTGGCCTTTCGTTGTGCTTTCCTTTTTCGGTGGTGTTTA
EST: gi|116416787|gb|EG459379.1|EG459379
EST:     GGTTTGTGGCCTTTGGTTTATGCCATGCTCTTGCTTCCCACTGGTACAAG                         TAAAACACCGGCTTGGCCTTTCGTTGTGCTTTCCTTTTTCGGTGGTGTTTA
genomic: GGTTTGTGGCCTTTGGTTTATGCCATGCTCTTGCTTCCCACTGGTACAAGgtaccatcca ... tgttggacagTAAAACACCGGCTTGGCCTTTCGTTGTGCTTTCCTTTTTCGGTGGTGTTTA
EST: gi|86069678|gb|DR365435.1|DR365435
EST:     GGTTTGTGGCCTTTGGTTTATGCCATGCTCTTGCTTCCCACTGGTACAAG                         TAAAACACCGGGTTGGCCTTTCGTTGTGCTTTCCTTTTTCGGCGGTGTTTA
genomic: GGTTTGTGGCCTTTGGTTTATGCCATGCTCTTGCTTCCCACTGGTACAAGgtaccatcca ... tgttggacagTAAAACACCGGCTTGGCCTTTCGTTGTGCTTTCCTTTTTCGGTGGTGTTTA
EST: gi|19876655|gb|AU237486.1|AU237486
EST:     GGTTTGTGGCCTTTGGTTTATGCCATGCTCTTGCTTCCCACTGGTACAAG                         TAAAACACCGGCTTGGCCTTTCGTTGTGCTTTCCTTTTTCGGTGGTGTTTA
genomic: GGTTTGTGGCCTTTGGTTTATGCCATGCTCTTGCTTCCCACTGGTACAAGgtaccatcca ... tgttggacagTAAAACACCGGCTTGGCCTTTCGTTGTGCTTTCCTTTTTCGGTGGTGTTTA