Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGTGTGTTTTCAGCTCTCACTCTGATGGTAATGGAAGCACTGCTGAAAATTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTGgtaagttagtggggattagtagagtttccttgtttggtttgatttagttcttttagtttttcaaagttggtgtctttttgggtgtttttgaatgttgtag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G75380.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G75380.3 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA1784S00200.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
AAGTGTGTTTTCAGCTCTCACTCTGATGGTAATGGAAGCACTGCTGAAAATTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTGgtaagttagtggggattagtagagtttccttgtttggtttgatttagttcttttagtttttcaaagttggtgtctttttgggtgtttttgaatgttgtag--
 | |||  ||| | ||| | |||  |||  | |||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||  | |||||||||| |  | |  ||||    | |   |  ||   |   ||  ||   ||  | || | |      |||  ||| |          ||    |  || |    
CATTGTACTTTTAACTCACCCTCCAATGACAGTGGAAGTACTGCTGACAATTTCAATGAAAAAGATGAAGATTATGTTAATTCTAGCGTCATTGAAGCTGgtatggcaatttggatatcaataaactgattaaataactt--ttctattagtataatatagggttgtttatgtttaggacaaaacttagatacattatgcgt

upper sequence: AT1G75380.3 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA14G07830.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
AAGTGTGTTTTCAGCTCTCACTCTGATGGTAATGGAAGCACTGCTGAAAATTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTGgtaagttagtggggattagtagagtttccttgtttggtttgatttagttcttttagtttttcaaagttggtgtctttttgggtgttt--ttgaatgttgtag
 | |||  ||| | ||| | |||  |||  | |||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||  ||||||||| | |||||||||| |  | |     |    | |  ||  ||   |    |  |     | ||||| || |  | | |  | ||    |||     ||  || || ||||   
CATTGTACTTTTAACTCACCCTCCAATGACAGTGGAAGTACCGCTGACAATTTCAATGAAAAAGATGAAGATTATGTTATTTCTAGTGTAATTGAAGCTGgtatgacaatttcattatcgataaattgattaaataacattttgattgttttttacttatatacattatgcgttaaattgtccacttgcttaaaagttgg--

upper sequence: AT1G75380.3 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv18s0001g12960.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
AAGTGTGTTTTCAGCTCTCACTCTGATGGTAATGGAAGCACTGCTGAAAATTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTGgtaagttagtggggattagtagagtttccttgtttggtttgatttagttctttta---gtttttcaaagttggtgtctttttgggtgtttttgaatgttgtag--
 | |||  |||||| |||  ||| ||||||||||| ||||  || || ||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||||| ||||  |    ||| |    ||| ||||||   |  | |||  ||||  ||   ||| ||  |   |  ||  |||||   |  | ||  ||     |   
CAATGTAGTTTCAGTTCTTCCTCGGATGGTAATGGTAGCATGGCAGAGAATTTCAATGAGAATGATGAAGATTATGTCAACTCCAGTGTAGTTGAAGCTGgtatgttaa-gcttgttaatc--atttacttgttct-tcaggtttcattctgataattgttcttttataattatgaatttttaa-tcctattatattccccattg

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124757605|gb|EH847735.1|EH847735
EST:     TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTG                         TTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAG
genomic: TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTGgtaagttagt ... aatgttgtagTTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAG
EST: gi|86040912|gb|DR336667.1|DR336667
EST:     TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTG                         TTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTA
genomic: TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTGgtaagttagt ... aatgttgtagTTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTA
EST: gi|125127251|gb|EL172194.1|EL172194
EST:     TGTAGTGGAAGCTG                         TTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTA
genomic: TGTAGTGGAAGCTGgtaagttagt ... aatgttgtagTTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTA
EST: gi|86040905|gb|DR336660.1|DR336660
EST:     TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTG                         TTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTA
genomic: TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTGgtaagttagt ... aatgttgtagTTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTA
EST: gi|86040903|gb|DR336658.1|DR336658
EST:     TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTG                         TTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTA
genomic: TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTGgtaagttagt ... aatgttgtagTTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTA
EST: gi|124838997|gb|EH923436.1|EH923436
EST:     AAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTG                         TTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTAGAAGATGAGGGATGGT
genomic: AAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTGgtaagttagt ... aatgttgtagTTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGT-GAAGATGAGGGATGGT
EST: gi|86040893|gb|DR336648.1|DR336648
EST:     TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTG                         TTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGNGAAGATGAGGGATGGTA
genomic: TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTGgtaagttagt ... aatgttgtagTTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTA
EST: gi|47829045|gb|CK118729.1|CK118729
EST:     TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTG                         TTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTA
genomic: TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTGgtaagttagt ... aatgttgtagTTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTA
EST: gi|125066501|gb|EL133352.1|EL133352
EST:     TGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTG                         TTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTG
genomic: TGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTGgtaagttagt ... aatgttgtagTTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTG
EST: gi|124967470|gb|EL041503.1|EL041503
EST:     GTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTG                         TTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTA
genomic: GTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTGgtaagttagt ... aatgttgtagTTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTA
EST: gi|86040911|gb|DR336666.1|DR336666
EST:     TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTG                         TTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTA
genomic: TTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTGgtaagttagt ... aatgttgtagTTGAAGTAAAAAGTGGAGCAGATGGTTTTATGGTGAAGATGAGGGATGGTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AAGTGTGTTTTCAGCTCTCACTCTGATGGTAATGGAAGCACTGCTGAAAATTTCAATGAAAATGATGAGGAATATGTTAACTCTAGTGTAGTGGAAGCTGgtaagttagtggggattagtagagtttccttgtttggtttgatttagttcttttagtttttcaaagttggtgtctttttgggtgtttttgaatgttgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG