Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCCTGTGGTTAGTCTCGTTTATCCTCTgtaagtgaactcctaatctgtagatcaaaagctttttacttcatctaagtaaggttctaatggttttatcttcttttgaatgtttcaatggctag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G74520.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86052442|gb|DR348199.1|DR348199
EST:     GCCTGTGGTTAGTCTCGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAGTTCAAGCGATTGAAACTCAATCTCATGCTGATGACAAACA
genomic: GCCTGTGGTTAGTCTCGTTTATCCTCTgtaagtgaac ... caatggctagATATGCTTCAGTTCAAGCGATTGAAACTCAATCTCATGCTGATGACAAACA
EST: gi|86052429|gb|DR348186.1|DR348186
EST:     GCCTGTGGTTAGTCTCGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAGTTCAAGCGATTGAAACTCAATCTCATGCTGATGACAAACA
genomic: GCCTGTGGTTAGTCTCGTTTATCCTCTgtaagtgaac ... caatggctagATATGCTTCAGTTCAAGCGATTGAAACTCAATCTCATGCTGATGACAAACA
EST: gi|86052441|gb|DR348198.1|DR348198
EST:     GCCTGTGGTTAGTCTCGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAGTTCAAGCGATTGAAACTCAATCTCATGCTGATGACAAACA
genomic: GCCTGTGGTTAGTCTCGTTTATCCTCTgtaagtgaac ... caatggctagATATGCTTCAGTTCAAGCGATTGAAACTCAATCTCATGCTGATGACAAACA
EST: gi|86052439|gb|DR348196.1|DR348196
EST:     GCCTGTGGTTAGTCTCGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAGTTCAAGCGATTGAAACTCAATCTCATGCTGATGACAAACA
genomic: GCCTGTGGTTAGTCTCGTTTATCCTCTgtaagtgaac ... caatggctagATATGCTTCAGTTCAAGCGATTGAAACTCAATCTCATGCTGATGACAAACA
EST: gi|86052436|gb|DR348193.1|DR348193
EST:     GCCTGTGGTTAGTCTCGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAGTTCAAGCGATTGAAACTCAATCTCATGCTGATGACAAACA
genomic: GCCTGTGGTTAGTCTCGTTTATCCTCTgtaagtgaac ... caatggctagATATGCTTCAGTTCAAGCGATTGAAACTCAATCTCATGCTGATGACAAACA
EST: gi|86052433|gb|DR348190.1|DR348190
EST:     GCCTGTGGTTAGTCTCGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAGTTCAAGCGATTGAAACTCAATCTCATGCTGATGACAAACA
genomic: GCCTGTGGTTAGTCTCGTTTATCCTCTgtaagtgaac ... caatggctagATATGCTTCAGTTCAAGCGATTGAAACTCAATCTCATGCTGATGACAAACA
EST: gi|86052431|gb|DR348188.1|DR348188
EST:     GCCTGTGGTTAGTCTCGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAGTTCAAGCGATTGAAACTCAATCTCATGCTGATGACAAACA
genomic: GCCTGTGGTTAGTCTCGTTTATCCTCTgtaagtgaac ... caatggctagATATGCTTCAGTTCAAGCGATTGAAACTCAATCTCATGCTGATGACAAACA
EST: gi|86052443|gb|DR348200.1|DR348200
EST:     GCCTGTGGTTAGTCTCGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAGTTCAAGCGATTGAAACTCAATCTCATGCTGATGACAAACA
genomic: GCCTGTGGTTAGTCTCGTTTATCCTCTgtaagtgaac ... caatggctagATATGCTTCAGTTCAAGCGATTGAAACTCAATCTCATGCTGATGACAAACA
EST: gi|86052432|gb|DR348189.1|DR348189
EST:     GCCTGTGGTTAGTCTCGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAGTTCAAGCGATTGAAACTCAATCTCATGCTGATGACAAACA
genomic: GCCTGTGGTTAGTCTCGTTTATCCTCTgtaagtgaac ... caatggctagATATGCTTCAGTTCAAGCGATTGAAACTCAATCTCATGCTGATGACAAACA
EST: gi|19878871|gb|AU239702.1|AU239702
EST:     GCCTGTGGTTAGTCTCGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAGTTCAAGCGATTGAAACTCAATCTCATGCTGATGACAAACA
genomic: GCCTGTGGTTAGTCTCGTTTATCCTCTgtaagtgaac ... caatggctagATATGCTTCAGTTCAAGCGATTGAAACTCAATCTCATGCTGATGACAAACA
EST: gi|86052438|gb|DR348195.1|DR348195
EST:     GCCTGTGGTTAGTCTCGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAGTTCAAGCGATTGAAACTCAATCTCATGCTGATGACAAACA
genomic: GCCTGTGGTTAGTCTCGTTTATCCTCTgtaagtgaac ... caatggctagATATGCTTCAGTTCAAGCGATTGAAACTCAATCTCATGCTGATGACAAACA
EST: gi|125254821|gb|EL268906.1|EL268906
EST:     GCCTGTGGTTAGTCTCGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAGTTCAAGCGATTGAAACTCAATCTCATGCTGATGACAAA
genomic: GCCTGTGGTTAGTCTCGTTTATCCTCTgtaagtgaac ... caatggctagATATGCTTCAGTTCAAGCGATTGAAACTCAATCTCATGCTGATGACAAA
EST: gi|86052440|gb|DR348197.1|DR348197
EST:     GCCTGTGGTTAGTCTCGTTTATCCTCT                         ATATGCTTCAGTTCAAGCGATTGAAACTCAATCTCATGCTGATGACAAACA
genomic: GCCTGTGGTTAGTCTCGTTTATCCTCTgtaagtgaac ... caatggctagATATGCTTCAGTTCAAGCGATTGAAACTCAATCTCATGCTGATGACAAACA