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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGAAGAGATGGGTAAAATCTGACTGGAAGAAAGATGATAATACTGCTGGGGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAGgtatgtttcatgaccagtgatgatgttgattcactgattcatattctcatgtcaattataactctcttgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G56340.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86070958|gb|DR366715.1|DR366715
EST:     GGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAG                         GTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC
genomic: GGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAGgtatgtttca ... tctcttgcagGTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC
EST: gi|86070961|gb|DR366718.1|DR366718
EST:     GGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAG                         GTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC
genomic: GGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAGgtatgtttca ... tctcttgcagGTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC
EST: gi|86070960|gb|DR366717.1|DR366717
EST:     GGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAG                         GTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC
genomic: GGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAGgtatgtttca ... tctcttgcagGTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC
EST: gi|116465716|gb|EG508308.1|EG508308
EST:     GGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAG                         GTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC
genomic: GGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAGgtatgtttca ... tctcttgcagGTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC
EST: gi|125233746|gb|EL247831.1|EL247831
EST:     TCTGGTGATGCTAACGATAAAG                         GTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC
genomic: TCTGGTGATGCTAACGATAAAGgtatgtttca ... tctcttgcagGTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC
EST: gi|116465698|gb|EG508290.1|EG508290
EST:     GGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAG                         GTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC
genomic: GGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAGgtatgtttca ... tctcttgcagGTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC
EST: gi|86070962|gb|DR366719.1|DR366719
EST:     GGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAG                         GTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC
genomic: GGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAGgtatgtttca ... tctcttgcagGTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC
EST: gi|86070954|gb|DR366711.1|DR366711
EST:     GGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAG                         GTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC
genomic: GGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAGgtatgtttca ... tctcttgcagGTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC
EST: gi|86070959|gb|DR366716.1|DR366716
EST:     GGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAG                         GTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC
genomic: GGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAGgtatgtttca ... tctcttgcagGTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC
EST: gi|86070953|gb|DR366710.1|DR366710
EST:     GGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAG                         GTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC
genomic: GGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAGgtatgtttca ... tctcttgcagGTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC
EST: gi|86070957|gb|DR366714.1|DR366714
EST:     GGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAG                         GTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC
genomic: GGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAGgtatgtttca ... tctcttgcagGTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC
EST: gi|86070956|gb|DR366713.1|DR366713
EST:     GGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAG                         GTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC
genomic: GGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAGgtatgtttca ... tctcttgcagGTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC
EST: gi|116482409|gb|EG525001.1|EG525001
EST:     GGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAG                         GTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC
genomic: GGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAGgtatgtttca ... tctcttgcagGTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC
EST: gi|116465734|gb|EG508326.1|EG508326
EST:     GGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAG                         GTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC
genomic: GGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAGgtatgtttca ... tctcttgcagGTATCCAAACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCTATATCAGCTGAATTCC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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GAGAAGAGATGGGTAAAATCTGACTGGAAGAAAGATGATAATACTGCTGGGGAATGGAAACACACAGCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAGgtatgtttcatgaccagtgatgatgttgattcactgattcatattctcatgtcaattataactctcttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA