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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGGATCAATGCGGAACATATCAGAATTGCTGATCAGTTTGTTGAGGTTCCGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtgcaactttttggaaaatacttatgttttgttattcgtcattcatatatgtatataaatgatatgtgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G36180.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G36180.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os05g22940.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GAGGATCAATGCGGAACATATCAGAATTGCTGATCAGTTTGTTGAGGTTCCGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtga--ttagtgcaactttttggaaaatacttatgttttgttattcgtcattcatatatgtatataaat----gatatgtgcag-------------------------------
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GAGGATAAATGCAGAGCACATCAGAATTGCCGATCAATTTGTAGAGGTACCTGGTGGAACAAACAACAACAACTATGCAAATGTCCAACTCATAGTGGAGgttagttcagctcatccctcaacacaacattttcgtttctatttaagttagggaaaaatctctacgaccctccaatttctgaacatccaattttcaccatcaactgcaatcacag

upper sequence: AT1G36180.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os10g21910.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
GAGGATCAATGCGGAACATATCAGAATTGCTGATCAGTTTGTTGAGGTTCCGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtga-------------ttagtgcaactttttggaaaatacttatgttttgttattcgtcattcatatatgtatataaatgatatgtgcag-------------
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GAAGATAAACGCGGAGCACATAAGGATCGCCGACCAATTCGTAGAAGTTCCTGGTGGTACAAATAATAACAATTATGCGAATGTACAGCTCATAGTGGAGgttagcacaattgatcatcatcgtagcctttttcatcttaccagtggattg--atttgccgtaggtaattggttgttaatattgtgtaatcttacctgtcacag

upper sequence: AT1G36180.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G377341_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 1
GAGGATCAATGCGGAACATATCAGAATTGCTGATCAGTTTGTTGAGGTTCCGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgatta--gtgcaactttttggaaaatacttatgttttgttattcgtcattcatatatgtatataaatgata-tgtgcag----------------------------------
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GAAGATAAACGCTGAGCACATAAGAATCGCTGATCAGTTCATAGAAGTTCCTGGAGGAACAAACAATAACAACTATGCGAATGTACAGCTTATAGTGGAGgttagcacaattcatcatctggaattatggaaatcttcacataattgt-gtttaggtttacatgtatttttcactgtgtactttggtaattaacatttcgagttcaacttcacag

upper sequence: AT1G36180.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA04G11550.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
GAGGATCAATGCGGAACATATCAGAATTGCTGATCAGTTTGTTGAGGTTCCGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtgcaactttttggaaaatacttatgttttgttattcgtcat--tcatatatgtatataaatgatatgtgcag---------------------
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GAGAATCAATGCAGAACATATCAGAATAGCTGATCAATTTGTGGAAGTACCTGGTGGGACCAATAACAATAACTATGCCAACGTGCAGCTTATTCTTGAGgtgtgttctgttgacttcatgagattttgtacttcaagtaatt-gtcatagcagtttttggtcaggaaagttgaaagcgacaaagtatggatggcaattat

upper sequence: AT1G36180.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA06G11120.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
GAGGATCAATGCGGAACATATCAGAATTGCTGATCAGTTTGTTGAGGTTCCGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtgcaactttttggaaaatacttatgttttgttatt-cgtcattcatatatgtatataaatgatatgtgcag---------------------
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GAGAATCAATGCAGAACATATCAGAATAGCTGATCAATTTGTGGAAGTACCTGGTGGGACCAATAACAATAACTATGCCAACGTGCAGCTTATTCTTGAGgtgtgatctgttgactttatgagattttatacttcaagtaattgtgatagcagtttttgttaagcaaagttgaaagcgacaaagtatggatggaaattat

upper sequence: AT1G36180.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv18s0001g04980.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
GAGGATCAATGCGGAACATATCAGAATTGCTGATCAGTTTGTTGAGGTTCCGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtgcaactttttgg----aaaatacttatgttttgttattcgt--cattcatatatgtatataaatgatatgtgcag----------------
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GAGAATAAATGCTGAGCATATTAGAATGGCTGATCAGTTTGTGGAAGTTCCTGGTGGGACTAACAATAATAACTATGCCAATGTGCAACTCATTGTAGAGgtatgtagtgtgtttattaagctatgtagcatgtatttccttttagtccttcctttcatgatggccaccaaactgcataaactatgaaccagaaaagcca

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116441756|gb|EG484348.1|EG484348
EST:     CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG                         ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
EST: gi|116441767|gb|EG484359.1|EG484359
EST:     CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG                         ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
EST: gi|116441764|gb|EG484356.1|EG484356
EST:     CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG                         ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
EST: gi|116441666|gb|EG484258.1|EG484258
EST:     CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG                         ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGA
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGA
EST: gi|116441654|gb|EG484246.1|EG484246
EST:     CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG                         ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGA
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGA
EST: gi|116474806|gb|EG517398.1|EG517398
EST:     CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG                         ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
EST: gi|116441747|gb|EG484339.1|EG484339
EST:     CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG                         ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
EST: gi|116441650|gb|EG484242.1|EG484242
EST:     CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG                         ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGA
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGA
EST: gi|116441648|gb|EG484240.1|EG484240
EST:     CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG                         ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGG
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGG
EST: gi|116441645|gb|EG484237.1|EG484237
EST:     CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG                         ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGA
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGA
EST: gi|116441769|gb|EG484361.1|EG484361
EST:     CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG                         ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
EST: gi|116441758|gb|EG484350.1|EG484350
EST:     CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGTTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG                         ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
EST: gi|116441657|gb|EG484249.1|EG484249
EST:     CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG                         ATGGCTGAGGTCACGCGT
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGT
EST: gi|116441768|gb|EG484360.1|EG484360
EST:     CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG                         ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
EST: gi|116441667|gb|EG484259.1|EG484259
EST:     CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG                         ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGG
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGG
EST: gi|116441659|gb|EG484251.1|EG484251
EST:     CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG                         ATGGCTGAGGTCACGCG
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCG
EST: gi|116441653|gb|EG484245.1|EG484245
EST:     CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG                         ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGG
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGG
EST: gi|116441647|gb|EG484239.1|EG484239
EST:     CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG                         ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGA
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGA
EST: gi|116441651|gb|EG484243.1|EG484243
EST:     CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG                         ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGG
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGG
EST: gi|116441655|gb|EG484247.1|EG484247
EST:     CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG                         ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGG
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGG
EST: gi|116441665|gb|EG484257.1|EG484257
EST:     CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG                         ATGGCTGAGGTCACGCG
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCG
EST: gi|116441765|gb|EG484357.1|EG484357
EST:     CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGTTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG                         ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTGGGGGTCATGCA
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
EST: gi|116441656|gb|EG484248.1|EG484248
EST:     CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG                         ATGGCTGAGGTCACGCGTCTGGA
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGA
EST: gi|116441766|gb|EG484358.1|EG484358
EST:     CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG                         ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
EST: gi|116441661|gb|EG484253.1|EG484253
EST:     CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG                         ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGG
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGG
EST: gi|116441757|gb|EG484349.1|EG484349
EST:     CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG                         ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGGATGCAGTTTGGCCTGGTTGGGGTCATGCA
EST: gi|116441646|gb|EG484238.1|EG484238
EST:     CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAG                         ATGGCTGAGGTCACGCGTGTGG
genomic: CGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtg ... atatgtgcagATGGCTGAGGTCACGCGTGTGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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GAGGATCAATGCGGAACATATCAGAATTGCTGATCAGTTTGTTGAGGTTCCGGGAGGAACTAATAATAACAATTATGCTAATGTTCAGCTTATTGTGGAGgtgattagtgcaactttttggaaaatacttatgttttgttattcgtcattcatatatgtatataaatgatatgtgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG