1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
AGATGGCTTCCTTTGTTCTATGTTCCTTCTCTTGTTGTTCTTCCTCTTTCTGTTAGAGATATTCCGGCTGCTTCAGGTGTCAAAATCTGCTACATTGTAGgtatgaacttgatcttcacttggttaatgatcttgtgttctctggtagcttttatgggttttttgtctaattgctctgttttgtttattatttaatgctgatctgatgtcaatgttgatttgaatgtttgtttgtatag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G32080.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTAGAGATATTCCGGCTGCTTCAGGTGTCAAAAATACTGCTACATTGTAG CCGGTGGATGGEST: gi|86047418|gb|DR343173.1|DR343173
genomic: TTAGAGATATTCCGGCTGCTTCAGGTGTCAAAA-T-CTGCTACATTGTAGgtatgaactt ... gtttgtatagCCGGTGGATGG
EST: TGTTAGAGATATTCCGGCTGCTTCAGGTGTCAAAATCTGCTACATTGTAG CCGGTGGATGGTTGGCGTCACTTTGTGTAGCAGGGTACACAGCTATTGCAGEST: gi|125216194|gb|EL230277.1|EL230277
genomic: TGTTAGAGATATTCCGGCTGCTTCAGGTGTCAAAATCTGCTACATTGTAGgtatgaactt ... gtttgtatagCCGGTGGATGGTTGGCGTCACTTTGTGTAGCAGGGTACACAGCTATTGCAG
EST: AAATCTGCTACATTGTAG CCGGTGGATGGTTGGCGTCACTTTGTGTAGCAGGGTACACAGCTATTGCAGEST: gi|86047419|gb|DR343174.1|DR343174
genomic: AAATCTGCTACATTGTAGgtatgaactt ... gtttgtatagCCGGTGGATGGTTGGCGTCACTTTGTGTAGCAGGGTACACAGCTATTGCAG
EST: TGTTAGAGATATTCCGGCTGCTTCAGGTGTCAAAATCTGCTACATTGTAG CCGGTGGATGGTTGGCGTCACTTTGTGTAGCAGGGTACACAGCTATTGCAGEST: gi|124962050|gb|EL036501.1|EL036501
genomic: TGTTAGAGATATTCCGGCTGCTTCAGGTGTCAAAATCTGCTACATTGTAGgtatgaactt ... gtttgtatagCCGGTGGATGGTTGGCGTCACTTTGTGTAGCAGGGTACACAGCTATTGCAG
EST: TGTTAGAGATATTCCGGCTGCTTCAGGTGTCAAAATCTGCTACATTGTAG CCGGTGGATGG
genomic: TGTTAGAGATATTCCGGCTGCTTCAGGTGTCAAAATCTGCTACATTGTAGgtatgaactt ... gtttgtatagCCGGTGGATGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGATGGCTTCCTTTGTTCTATGTTCCTTCTCTTGTTGTTCTTCCTCTTTCTGTTAGAGATATTCCGGCTGCTTCAGGTGTCAAAATCTGCTACATTGTAGgtatgaacttgatcttcacttggttaatgatcttgtgttctctggtagcttttatgggttttttgtctaattgctctgttttgtttattatttaatgctgatctgatgtcaatgttgatttgaatgtttgtttgtatag
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