Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAAGGAAAGCAAGCAAGTGGTAGTGAAGAAGCTCCCTCCAAGGGTAAAGGAAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttttggattcgtttctgtgcctgttacctttgttcatgagtaaaaaatactggtaaacaaatatggatccaaaagttctcttacaacttttgtattagtacaatagcattaaagtcaaatctccaattgtttttgtttcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G26550.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86025350|gb|DR321103.1|DR321103
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025343|gb|DR321096.1|DR321096
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025368|gb|DR321121.1|DR321121
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025366|gb|DR321119.1|DR321119
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025354|gb|DR321107.1|DR321107
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025338|gb|DR321091.1|DR321091
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025345|gb|DR321098.1|DR321098
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025358|gb|DR321111.1|DR321111
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025346|gb|DR321099.1|DR321099
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025370|gb|DR321123.1|DR321123
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025355|gb|DR321108.1|DR321108
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025367|gb|DR321120.1|DR321120
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTCATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025333|gb|DR321086.1|DR321086
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|124984858|gb|EL057486.1|EL057486
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTG
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTG
EST: gi|86025360|gb|DR321113.1|DR321113
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025347|gb|DR321100.1|DR321100
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025339|gb|DR321092.1|DR321092
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025342|gb|DR321095.1|DR321095
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025356|gb|DR321109.1|DR321109
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025344|gb|DR321097.1|DR321097
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025369|gb|DR321122.1|DR321122
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|125078554|gb|EL140900.1|EL140900
EST:     GGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: GGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025361|gb|DR321114.1|DR321114
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGTCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025341|gb|DR321094.1|DR321094
EST:     ANAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGTCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025335|gb|DR321088.1|DR321088
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025362|gb|DR321115.1|DR321115
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025372|gb|DR321125.1|DR321125
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025349|gb|DR321102.1|DR321102
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025365|gb|DR321118.1|DR321118
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025353|gb|DR321106.1|DR321106
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025331|gb|DR321084.1|DR321084
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025371|gb|DR321124.1|DR321124
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025364|gb|DR321117.1|DR321117
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025348|gb|DR321101.1|DR321101
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025357|gb|DR321110.1|DR321110
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025340|gb|DR321093.1|DR321093
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025334|gb|DR321087.1|DR321087
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
EST: gi|86025332|gb|DR321085.1|DR321085
EST:     AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAG                         CAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA
genomic: AAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttt ... tttgtttcagCAAGACATGTTTTGTGCGAGAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AAAGGAAAGCAAGCAAGTGGTAGTGAAGAAGCTCCCTCCAAGGGTAAAGGAAAAGCAGGAAAAGCTGCAGATGGTCTTGGGACATGCACTTATGTTAAAGgtgtgttttttggattcgtttctgtgcctgttacctttgttcatgagtaaaaaatactggtaaacaaatatggatccaaaagttctcttacaacttttgtattagtacaatagcattaaagtcaaatctccaattgtttttgtttcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG