1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
AAATGTCTTTTCAGCTCGCACTCTGATGGTACCGGAAGCACAGCAGAGAATTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctggttaaatctgtatttataccattagttctctctattcttcttgtgttttgattctaatcatcgatgttctcttgttggttttgtatataag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G19660.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG TTGAGGTAAAW-GTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGAEST: gi|86052205|gb|DR347962.1|DR347962
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG TTGAGGTAAAAWGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGAEST: gi|116471465|gb|EG514057.1|EG514057
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG TTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGAEST: gi|86052184|gb|DR347941.1|DR347941
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGA-GCTG TTGAGGTAAAANGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGAEST: gi|86052189|gb|DR347946.1|DR347946
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG TTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGAEST: gi|86052191|gb|DR347948.1|DR347948
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG TTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCAEST: gi|86052206|gb|DR347963.1|DR347963
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCA
EST: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG TTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGAEST: gi|86052192|gb|DR347949.1|DR347949
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG TTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGAEST: gi|86052190|gb|DR347947.1|DR347947
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGA-GCTG TTGAGGTAAAAWGTGGRCCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGAEST: gi|86052204|gb|DR347961.1|DR347961
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG TTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGAEST: gi|86052200|gb|DR347957.1|DR347957
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG TTGAGGTAAAAWGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGEST: gi|86052201|gb|DR347958.1|DR347958
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGG
EST: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG TTGAGGTAAAAWGTGGACSAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGAEST: gi|86052186|gb|DR347943.1|DR347943
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG TTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGAEST: gi|86052195|gb|DR347952.1|DR347952
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG TTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGAEST: gi|86052193|gb|DR347950.1|DR347950
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG TTGAGGTAAAAEST: gi|86052207|gb|DR347964.1|DR347964
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAA
EST: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG TTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGAEST: gi|86052202|gb|DR347959.1|DR347959
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: TTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAAGCTG TTGAGGTAAATWGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGA-GATGAAGGATGEST: gi|86052208|gb|DR347965.1|DR347965
genomic: TTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAA-GCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATG
EST: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG TTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGAEST: gi|86052197|gb|DR347954.1|DR347954
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATNGGAAGCTG TTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGAEST: gi|86052194|gb|DR347951.1|DR347951
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGGA
EST: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG TTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAEST: gi|125015928|gb|EL088197.1|EL088197
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAA
EST: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTG TTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGG
genomic: TTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctgg ... tgtatataagTTGAGGTAAAAAGTGGACCAGATGGTTTCATGGTGAAGATGAAGGATGGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AAATGTCTTTTCAGCTCGCACTCTGATGGTACCGGAAGCACAGCAGAGAATTTCAACGAGAACGATGAGGATTATGTCAAGTCTAGTGTATTGGAAGCTGgtaatcctggttaaatctgtatttataccattagttctctctattcttcttgtgttttgattctaatcatcgatgttctcttgttggttttgtatataag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG