Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCGACGAAGAAATTTGGTGAAGATGGGAAGAGATTCGAGCATCTTGCATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAAgtgagtagggcatcttcattgtttattccttagaattataagtttataacagacgaataaatggaactgaagtatttttgattgattatgagcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G14360.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G14360.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv01s0026g01890.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
GTCGACGAAGAAATTTGGTGAAGATGGGAAGAGATTCGAGCATCTTGCATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAAgtgagtagggcatcttcattgtttattccttagaattataagtttataacagacgaataaatggaactgaagt---atttttgattgattatga-gcag
||| || |||  |||||| |  |||  |||||| || || ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| | ||||| || ||||| | |||||||||||      | || ||| ||  |    | | |     |||   | | |||  |   ||| || || |  |   ||||||   || ||||    |||
GTCCACCAAGCGATTTGGCGCTGATCAGAAGAGGTTTGAACATCTTGCATTCCTGAACTTGGCCCAGAATGTAGTTTGCTTAGTGTGGTCATTTATAAgtgagtcccttgtttttatttttcttctacttggacc---agt---tgagagaatagataatagagctcagttttcattttttggtgcttattccacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86025305|gb|DR321058.1|DR321058
EST:     ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAA                         TGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
genomic: ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAAgtgagtaggg ... ttatgagcagTGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
EST: gi|86025311|gb|DR321064.1|DR321064
EST:     ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAA                         TGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
genomic: ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAAgtgagtaggg ... ttatgagcagTGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
EST: gi|86025290|gb|DR321043.1|DR321043
EST:     ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAA                         TGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
genomic: ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAAgtgagtaggg ... ttatgagcagTGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
EST: gi|86025296|gb|DR321049.1|DR321049
EST:     ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAA                         TGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
genomic: ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAAgtgagtaggg ... ttatgagcagTGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
EST: gi|116432753|gb|EG475345.1|EG475345
EST:     ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAA                         TGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
genomic: ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAAgtgagtaggg ... ttatgagcagTGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
EST: gi|86025306|gb|DR321059.1|DR321059
EST:     TTCTGAAATTTGGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAA                         TGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
genomic: TTCTG-AATTT-GGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAAgtgagtaggg ... ttatgagcagTGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
EST: gi|86025291|gb|DR321044.1|DR321044
EST:     ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAA                         TGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
genomic: ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAAgtgagtaggg ... ttatgagcagTGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
EST: gi|86025309|gb|DR321062.1|DR321062
EST:     ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAA                         TGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
genomic: ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAAgtgagtaggg ... ttatgagcagTGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
EST: gi|86025304|gb|DR321057.1|DR321057
EST:     ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAA                         TGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
genomic: ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAAgtgagtaggg ... ttatgagcagTGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
EST: gi|86025302|gb|DR321055.1|DR321055
EST:     ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAA                         TGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
genomic: ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAAgtgagtaggg ... ttatgagcagTGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
EST: gi|86025312|gb|DR321065.1|DR321065
EST:     ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAA                         TGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
genomic: ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAAgtgagtaggg ... ttatgagcagTGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
EST: gi|86025295|gb|DR321048.1|DR321048
EST:     ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAA                         TGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
genomic: ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAAgtgagtaggg ... ttatgagcagTGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
EST: gi|86025298|gb|DR321051.1|DR321051
EST:     ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAA                         TGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
genomic: ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAAgtgagtaggg ... ttatgagcagTGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
EST: gi|86025300|gb|DR321053.1|DR321053
EST:     ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAA                         TGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
genomic: ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAAgtgagtaggg ... ttatgagcagTGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
EST: gi|86025294|gb|DR321047.1|DR321047
EST:     ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAA                         TGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
genomic: ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAAgtgagtaggg ... ttatgagcagTGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
EST: gi|86025303|gb|DR321056.1|DR321056
EST:     ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAA                         TGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
genomic: ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAAgtgagtaggg ... ttatgagcagTGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
EST: gi|86025293|gb|DR321046.1|DR321046
EST:     ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAA                         TGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
genomic: ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAAgtgagtaggg ... ttatgagcagTGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
EST: gi|86025307|gb|DR321060.1|DR321060
EST:     ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAA                         TGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
genomic: ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAAgtgagtaggg ... ttatgagcagTGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
EST: gi|86025299|gb|DR321052.1|DR321052
EST:     ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAA                         TGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
genomic: ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAAgtgagtaggg ... ttatgagcagTGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
EST: gi|86025310|gb|DR321063.1|DR321063
EST:     ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAA                         TGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
genomic: ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAAgtgagtaggg ... ttatgagcagTGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
EST: gi|86025292|gb|DR321045.1|DR321045
EST:     ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAA                         TGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
genomic: ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAAgtgagtaggg ... ttatgagcagTGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
EST: gi|86025308|gb|DR321061.1|DR321061
EST:     ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAA                         TGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGYTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT
genomic: ATTTCTGAATTTGGCTCAGAATGTAATCTGCTTGGTTTGGTCTTATATAAgtgagtaggg ... ttatgagcagTGATTAAGCTCTGGTCCAACGGAGGTTCTGGTGGAGCCCCATGGTGGACGT