Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATACAGTGGAGTGGATCACTCTTATCTTGCCAAATACGTCCTCCAACCTTTTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCGTAAGTGTGgtatctctttcatactgtttcgttgcatgtataataacttttacttgctgaggctaatcagactgatgtttttttaactctgtttgtcttttcatgtttc...

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G13560.2
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G13560.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA12G08720.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
---------AATACAGTGGAGTGGATCACTCTTATCTTGCCAAATACGTCCTCCAACCTTTTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCGTAAGTGTGgtatctctttcatactgtttcgttgcatgtataataacttttacttgctgaggcta-atcagactgatgtttttttaactct-gtttgtcttttcatgtttc
         |||| |||||||| ||||| || ||| | |||||||| || || ||||| ||||||| ||| ||||| ||  | ||||| ||||||||||||| |||     |  | | ||||  ||         | |||   |  |||| ||||  | |   || |    |   |  | | || |  ||  |  ||     ||||     
ACAGATATAAATATAGTGGAGTAGATCATTCCTATGTGGCCAAATATGTACTACAACCCTTTTGGAGTCGCTTTGTTAATTTTTTCCCCCTATGGATGCCgtgagt-----acttttatcat-ttgaaagaaactaagtactttttctttgacttaattattttataatgtagaaacatctcttcacttcaagcatgataaatcat-----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86070080|gb|DR365837.1|DR365837
EST:     TTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCACCAAACATG                         ATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTA
genomic: TTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCC-GTAAGTGTGgtatctcttt ... tgtttcgcagATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTA
EST: gi|86070077|gb|DR365834.1|DR365834
EST:     TTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCACCAAACATG                         ATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTA
genomic: TTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCC-GTAAGTGTGgtatctcttt ... tgtttcgcagATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTA
EST: gi|86070082|gb|DR365839.1|DR365839
EST:     TTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCACCAAACATG                         ATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTA
genomic: TTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCGT-AAGTGTGgtatctcttt ... tgtttcgcagATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTA
EST: gi|86070083|gb|DR365840.1|DR365840
EST:     TTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCACCAAACATG                         ATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGNTA
genomic: TTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCGT-AAGTGTGgtatctcttt ... tgtttcgcagATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTA
EST: gi|86070078|gb|DR365835.1|DR365835
EST:     TTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCACCAAACATG                         ATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTA
genomic: TTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCGT-AAGTGTGgtatctcttt ... tgtttcgcagATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTA
EST: gi|152034149|gb|BP868711.2|BP868711
EST:     TTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCC-TCTATGGATGCCACCAAACATG                         ATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTA
genomic: TTTGGACTCGATTTGTCAAAGTCTTCCCTCTATGGATGCCGT-AAGTGTGgtatctcttt ... tgtttcgcagATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTA