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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGCATAATCTAGCCTCTGAAATCGTCGACTCAAAACTCGGCAAGCAGgtattacaaggcatcttgattttatctttttcctcttggcttctttatggttaagttgctgaaacattatacaaaaccatacag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G43745.1
intron # 19
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124858604|gb|EH943041.1|EH943041
EST:     CGTCGACTCAAAACTCGGCAAGCAG                         ATAACAGGACCCAAGCCGTCCCTAACTTTCATAGCAGCAGAGGAAGTTATG
genomic: CGTCGACTCAAAACTCGGCAAGCAGgtattacaag ... aaccatacagATAACAGGACTCAAGCCGTCCCTAACTTTCATAGCAGCAGAGGAAGTTATG
EST: gi|124910999|gb|EH985079.1|EH985079
EST:     TAATCTAGCCTCTGAAATCGTCGACTCAAAACTCGGCAAGCAG                         ATAACAGGACTCAAGCCGTCCCTAACTTTCATAGCAGCAGAGGAAGTTATG
genomic: TAATCTAGCCTCTGAAATCGTCGACTCAAAACTCGGCAAGCAGgtattacaag ... aaccatacagATAACAGGACTCAAGCCGTCCCTAACTTTCATAGCAGCAGAGGAAGTTATG