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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCTTAATGACTCCAATTATCAAGAATGCAGACCAGAAATCTATTTCTGCTATTTCCTTAGAGgtaattttattctctctgaagttaaacgaatatggaaggctatagaggcacatatgtttgatcagttcttaccatattccatgtgttgttgatcgctatagttatgaattttaatatgtcaaatgatttttggatcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G52200.2
intron # 18
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G52200.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 18
lower sequence: GLYMA10G34480.1 (Glycine max), 5'ss of exon 14
GGCTTAATGACTCCAATTATCAAGAATGCAGACCAGAAATCTATTTCTGCTATTTCCTTAGAGgtaattttattctctctgaagttaaacgaatatggaaggctatagaggcacatatgtttgatcagttcttaccatattccatgtgttgttgatcgctatagttatgaattttaatatgtcaaatgatttttggatcag
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GGCTTGATGACTCCAATAATAAAAAATGCTGATCAGAAGACAATATCTGCTATCTCCTCAGAGgtaattttatctcattta----tgtaggtttctggttagtgactttatgatagaaactgaaatataccgaacgctattaactgagaaatcag----------------------------------------------

upper sequence: AT3G52200.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 18
lower sequence: GLYMA20G33080.1 (Glycine max), 5'ss of exon 18
GGCTTAATGACTCCAATTATCAAGAATGCAGACCAGAAATCTATTTCTGCTATTTCCTTAGAGgtaattttattctctctgaagttaaacgaatatggaaggctatagaggcacatatgtttgatcagttcttaccatattccatgtgttgttgatcgctatagttatgaattttaatatgtcaaatgatttttggatcag
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GGCTTGATGACTCCAATAATAAAAAATGCTGATCAGAAGACAATATCTGCTATCTCCTCAGAGgtaattttatctcatttgt---------------gtaggtttctggttaatgactttatgat-agaaactggaatataccgtatgctattaactaaga-aatcagggagcaaagctc---------------------