Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATATCTCTACAACAAACATTGAATCTAAAGGGAAAGAGTTTGCTGAAATTTTGCCCCAACAGTATTATCCTTGGTTTGCACAGTACATGGTTATGAAAAGgtactgatagttgtattcttcatgcaaggtttctttcttattttttccctccaagtgtgtaatacctgatagagcgatgtgtttaatacctgatag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G02080.2
intron # 18
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G02080.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 18
lower sequence: GLYMA03G27260.1 (Glycine max), 5'ss of exon 13
ATATCTCTACAACAAACATTGAATCTAAAGGGAAAGAGTTTGCTGAAATTTTGCCCCAACAGTATTATCCTTGGTTTGCACAGTACATGGTTATGAAAAGgtactgatagtt-gta---ttcttcatgcaaggtttctttcttattt---tttccctccaagtgtgtaatacctgatagagcgatgtgtttaatacctgatag
|||  | | |  | |||||||| |||||||  ||||||||  |||||||||||    | ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    ||  ||  ||   | | ||||| |   | |  ||  | |      |||| |||| ||   || ||  ||  || |  || | |    |    ||| |
ATACTTTTGCGGCTAACATTGATTCTAAAGCAAAAGAGTTCACTGAAATTTTGAAAGAGCAGTATTATCCTTGGTTTGCACAATATATGGTTATGAAAAGgttagcatgatttataagttacatcatgtatcatgtaattgctgtaaaaagttccatccacgtagata-tatgtgcaagggt-atatataccgtgaa-gattg

upper sequence: AT1G02080.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 18
lower sequence: GLYMA07G14770.1 (Glycine max), 5'ss of exon 19
ATATCTCTACAACAAACATTGAATCTAAAGGGAAAGAGTTTGCTGAAATTTTGCCCCAACAGTATTATCCTTGGTTTGCACAGTACATGGTTATGAAAAGgtactgatagttgtattcttcatgcaaggtttctttcttattttttccctccaagtgtgtaatacctgatagagcgatgtgt-ttaatacctgatag-----
|| | ||| |  | || |||||| ||||||  ||||||||  |||||||||||    | ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||| | |  |    | ||| |   | |  ||  | |        | ||    ||||         |  |  |||| |  | |    |   |      
ATGTTTCTGCTGCTAATATTGAAGCTAAAGCAAAAGAGTTCACTGAAATTTTGAAAGAGCAGTACTATCCTTGGTTTGCACAGTATATGGTTATGAAAAGgt-tagattgattcaaaagttatgtatcatgtaattgct-taaaaaatttgcatccatgtagatatgagcaagggtatgtatactgaagtgtagcaacagca

upper sequence: AT1G02080.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 18
lower sequence: GLYMA03G27270.1 (Glycine max), 5'ss of exon 19
ATATCTCTACAACAAACATTGAATCTAAAGGGAAAGAGTTTGCTGAAATTTTGCCCCAACAGTATTATCCTTGGTTTGCACAGTACATGGTTATGAAAAGgt---actgat--agttgtattcttcatgcaag-gtttctttcttattttttccctccaagtgtgtaatacctgataga-gcgatgtgtttaatacctgatag
|| | ||  |  | ||  ||||| ||||||  ||||||||  |||||||||||    | ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   | ||||  |     ||   ||||||||  | ||        ||   ||| |  |  | ||    |    ||| |  || ||    ||     ||    
ATGTTTCGGCTGCTAATGTTGAAGCTAAAGCAAAAGAGTTCACTGAAATTTTGAAAGAGCAGTACTATCCTTGGTTTGCACAGTATATGGTTATGAAAAGgttagattgatcaaaaatcatgtatcatgcaattgcttgaaaaaagttgcatccatgtagatatgagcaagggtatatatacggtgcagatagggagtgt---

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116401566|gb|EG444158.1|EG444158
EST:     TTGCCCCAACAGTATTATCCTTGGTTTGCACAGTACATGGTTATGAAAAG                         AGCGAGCATCGAGCCGAATTTTCATGATCTGTACCTGAAGTTCTT
genomic: TTGCCCCAACAGTATTATCCTTGGTTTGCACAGTACATGGTTATGAAAAGgtactgatag ... tacctgatagAGCGAGCATCGAGCCGAATTTTCATGATCTGTACCTGAAGTTCTT