Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTGTAGGAAAAGATGCGCTAGCAGAAGGGGACAAAATCACATTGGAAACAGCTAAGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACCgtaagatttgttggctcccttcgttttggtttagtactctctctttctctctcaacgggttattcactcttgaaccttttggatgaattttttgacag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G78900.2
intron # 17
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G78900.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 17
lower sequence: GLYMA07G00430.1 (Glycine max), 5'ss of exon 17
CTTGTAGGAAAAGATGCGCTAGCAGAAGGGGACAAAATCACATTGGAAACAGCTAAGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACCgtaagatttgttggctcccttcgttttggtttagtactct--ctctttctctctcaacgggttattcactcttgaaccttttggatgaattttttgacag
||||| || || |||||  |||| ||||| || || ||||| || ||||| || ||||| ||||| || ||||| ||||||||||| || |||||||||||||           |||||    |||||| | | || |  |  ||  | | | |  | ||| || |   | | ||||| ||  ||     | ||| ||
CTTGTGGGCAAGGATGCTTTAGCTGAAGGAGATAAGATCACCTTAGAAACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaaggg---------cccttgtaattggttaacttctttaacatttattatattattgtgttctt-atgttggtaccttctgtgtgg---ctgtgatag

upper sequence: AT1G78900.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 17
lower sequence: GLYMA08G23990.1 (Glycine max), 5'ss of exon 17
CTTGTAGGAAAAGATGCGCTAGCAGAAGGGGACAAAATCACATTGGAAACAGCTAAGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACCgtaagatttgttg-gctcccttcgttttggtttagtactctctctttctctctcaacgggttattcactcttgaaccttttggatgaattttttgacag
||||| || || |||||  |||| ||||| || || ||||| || ||||| || ||||| ||||| || ||||| ||||||||||| || |||||||||||||     |||   |   ||   ||   |    |    | | ||  | | |  |   ||| ||   |    | | |||||  ||     | ||| ||
CTTGTGGGCAAGGATGCTTTAGCTGAAGGAGATAAGATCACCTTAGAAACTGCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTATCTTGCTCAAAATGCCTTTACACCgtaagggaccttgtaattggttaacttctttaatatgtattatattattgtttttatttgttcttatgttggtacctttttgtgtgg---ctgtgatag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116463760|gb|EG506352.1|EG506352
EST:     ACAGCTAAGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
genomic: ACAGCTAAGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACCgtaagatttg ... tttttgacagATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
EST: gi|116484152|gb|EG526744.1|EG526744
EST:     AGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
genomic: AGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACCgtaagatttg ... tttttgacagATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
EST: gi|124822727|gb|EH907593.1|EH907593
EST:     CTTGCTCAAAACGCGTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
genomic: CTTGCTCAAAACGCGTTTACACCgtaagatttg ... tttttgacagATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
EST: gi|116484817|gb|EG527409.1|EG527409
EST:     ACAGCTAAGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
genomic: ACAGCTAAGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACCgtaagatttg ... tttttgacagATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
EST: gi|116423655|gb|EG466247.1|EG466247
EST:     ACAGCTAAGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
genomic: ACAGCTAAGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACCgtaagatttg ... tttttgacagATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
EST: gi|116423878|gb|EG466470.1|EG466470
EST:     AGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
genomic: AGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACCgtaagatttg ... tttttgacagATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
EST: gi|116423877|gb|EG466469.1|EG466469
EST:     AGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
genomic: AGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACCgtaagatttg ... tttttgacagATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
EST: gi|116467266|gb|EG509858.1|EG509858
EST:     AGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
genomic: AGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACCgtaagatttg ... tttttgacagATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
EST: gi|116484141|gb|EG526733.1|EG526733
EST:     AGCTATTGAGGGAAGATTACCTTCGCTCAAAACGCGTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
genomic: AGCTATTGAGGGAAGATTACCTT-GCTCAAAACGCGTTTACACCgtaagatttg ... tttttgacagATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
EST: gi|116452176|gb|EG494768.1|EG494768
EST:     AGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGTCCTTTTTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
genomic: AGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACCgtaagatttg ... tttttgacagATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
EST: gi|116463788|gb|EG506380.1|EG506380
EST:     ACAGCTAAGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
genomic: ACAGCTAAGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACCgtaagatttg ... tttttgacagATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
EST: gi|125031712|gb|EL103981.1|EL103981
EST:     TTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
genomic: TTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACCgtaagatttg ... tttttgacagATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
EST: gi|164136381|gb|ES111995.1|ES111995
EST:     TGCTCAAAACGCGTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
genomic: TGCTCAAAACGCGTTTACACCgtaagatttg ... tttttgacagATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
EST: gi|116436722|gb|EG479314.1|EG479314
EST:     ACAGCTAAGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
genomic: ACAGCTAAGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACCgtaagatttg ... tttttgacagATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
EST: gi|116424281|gb|EG466873.1|EG466873
EST:     ACAGCTAAGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
genomic: ACAGCTAAGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACCgtaagatttg ... tttttgacagATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
EST: gi|116452175|gb|EG494767.1|EG494767
EST:     AGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
genomic: AGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACCgtaagatttg ... tttttgacagATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
EST: gi|116456041|gb|EG498633.1|EG498633
EST:     ACAGCTAAGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
genomic: ACAGCTAAGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACCgtaagatttg ... tttttgacagATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
EST: gi|116433583|gb|EG476175.1|EG476175
EST:     ACAGCTAAGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
genomic: ACAGCTAAGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACCgtaagatttg ... tttttgacagATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
EST: gi|116423654|gb|EG466246.1|EG466246
EST:     AGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
genomic: AGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACCgtaagatttg ... tttttgacagATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
EST: gi|116451304|gb|EG493896.1|EG493896
EST:     ACAGCTAAGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
genomic: ACAGCTAAGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACCgtaagatttg ... tttttgacagATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
EST: gi|116424219|gb|EG466811.1|EG466811
EST:     ACAGCTAAGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
genomic: ACAGCTAAGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACCgtaagatttg ... tttttgacagATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
EST: gi|116468179|gb|EG510771.1|EG510771
EST:     ACAGCTAAGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACC                         ATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT
genomic: ACAGCTAAGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACCgtaagatttg ... tttttgacagATATGACAAATTCTGTCCTTTCTACAAGTCCGTGTGGATGATGCGTAACAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTTGTAGGAAAAGATGCGCTAGCAGAAGGGGACAAAATCACATTGGAAACAGCTAAGCTATTGAGGGAAGATTACCTTGCTCAAAACGCGTTTACACCgtaagatttgttggctcccttcgttttggtttagtactctctctttctctctcaacgggttattcactcttgaaccttttggatgaattttttgacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA