Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTATGATTGATTTCCAAGCAGCTGAAAAGAAGAGAGTTGATGAACCTGCATCTGATATTGGTCTGGAACCTCTATGCGCTATGgtatgtcaaaagatatgactcttttgatgacactatttctttctcccattttcagacgaatatttatatgttaatattgactacag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G71820.2
intron # 17
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G71820.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 17
lower sequence: GLYMA03G03120.1 (Glycine max), 5'ss of exon 17
GTTATGATTGATTTCCAAGCAGCTGAAAAGAAGAGAGTTGATGAACCTGCATCTGATATTGGTCTGGAACCTCTATGCGCTATGgtatgtcaaaagatatgactcttttgatgacactatttctttctc---ccattttcagacga-atatttatatgttaatattgactacag
|| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | || ||||| || ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||  ||  ||   |        | |   |  | | ||||    |       ||||| |  || ||     |    ||| ||||  |  ||
GTGATGATTGATTTTCAAGCAGCTGAAAAGAAGAGACTAGAAGAACCAGCTTCTGAAATTGGTCTGGAACCTTTATGTGCTATGgttagtgtaatttttctgtaagtgttgcgttattgtttcaacataagattgttttctgttgacatgagattcatctaacattgtatttag

upper sequence: AT1G71820.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 17
lower sequence: Vv12s0034g02360.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 16
GTTATGATTGATTTCCAAGCAGCTGAAAAGAAGAGAGTTGATGAACCTGCATCTGATATTGGTCTGGAACCTCTATGCGCTATGgtatgtcaaaagatatgactcttttgatgacactatttctt--tctcccattt--tcagacgaatatttatatgttaatattgactacag------
|| ||||||||||| |||||||||||||||   ||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||| || |||| || ||||| ||||       |  |   |     |||| |||| ||||  | | | | |   | |    |  |||| | |  |  |||||||           
GTAATGATTGATTTTCAAGCAGCTGAAAAGCGAAGACTTGAAGAACCTGCTTCTGAAATTGGTCTGGAATCTTTATGTGCAATGgtttgtctctcttaaacaagttccatgtgactctatctcttggttttctactaaattaagtcaccatttctttactgctattgacattgtatccag

upper sequence: AT1G71820.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 17
lower sequence: Vv03s0097g00670.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 16
GTTATGATTGATTTCCAAGCAGCTGAAAAGAAGAGAGTTGATGAACCTGCATCTGATATTGGTCTGGAACCTCTATGCGCTATGgtatgtcaaaagatatgactcttttgatgacactatttctt--tctcccattt--tcagacgaatatttatatgttaatattgactacag------
|| ||||||||||| |||||||||||||||   ||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||| || |||| || ||||| ||||       |  |   |     |||| |||| ||||  | | | | |   | |    |  | || | |  |  |||||||           
GTAATGATTGATTTTCAAGCAGCTGAAAAGCGAAGACTTGAAGAACCTGCTTCTGAAATTGGTCTGGAATCTTTATGTGCAATGgtttgtctctcttaaacaagttccacgtgactctatctcttggttttctactaaattaagtcaccaattctttactgctattgacattgtatccag