Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGCTTGATTGCATTTCACAGCTAATGCGGATGTATCCTTCTGCTTTCGAGTTTTCTCCGgtatgtatatactgttaagagctgtcatggtgaaattttgttttaaaagtaatctctaaccatcaatattttgtttcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G04540.1
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G04540.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 16
lower sequence: GLYMA10G34510.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
TGGCTTGATTGCATTTCACAGCTAATGCGGATGTATCCTTCTGCTTTCGAGTTTTCTCCGgtatgtat------atactgttaagagctgtcatggtgaaattttgttttaaaagtaa-tctctaaccatcaatattt--tgtttcag-------
||| |||||||  ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||| |      ||| | ||   |  |||  || || |   || | ||   ||||| | ||   | |  ||  | |  | |||||        
TGGGTTGATTGTGTTTCACAACTATTGCGGATGTATCCTTTTGCTTTTGAGTTTTCTGCGgtatgtttccttgaatatttttgt-atttgttttgatgcacggttttctttctagtaactttccttctagtaacttctactttttcatgatccag