Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   
16  
 5'  3'   
17  
 5'  3'   
18  
 5'  3'   
19  
 5'  3'   
20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTTGGGTTTGGAAAGAGCAAATAGCACTGAGTTCGATGCTCAGACATCTGACCCTGTTGTTATATTTATGCCAGAAgtatgtattccaaacatgtatgtattcagaaacctatcaatggagtccgttcattctctcactcttggtgatatattaacacag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G02120.1
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86082702|gb|DR378461.1|DR378461
EST:     CTGAGTTCGATGCTCAGACATCTGACCCTGTTGTTATATTTATGCCAGAA                         GGCTCAAGAACACATATGGGAAGCACAATGAGACTTGGATCCCGAAGAACA
genomic: CTGAGTTCGATGCTCAGACATCTGACCCTGTTGTTATATTTATGCCAGAAgtatgtattc ... attaacacagGGCTCAAGAACACATATGGGAAGCACAATGAGACTTGGATCCCGAAGAACA
EST: gi|124977794|gb|EL051076.1|EL051076
EST:     ACATCTGACCCTGTTGTTATATTTATGCCAGAA                         GGCTCAAGAACACATATGGGAAGCACAATGAGACTTGGATCCCGAAGA
genomic: ACATCTGACCCTGTTGTTATATTTATGCCAGAAgtatgtattc ... attaacacagGGCTCAAGAACACATATGGGAAGCACAATGAGACTTGGATCCCGAAGA