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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCTCAAAACTTTATGAAGTGGTGCCTCCTATTCTAACCGAGCTGGGAAAGgtactacttatactcattcatttcatgtgctaccagattttctgattttctctggttttatgaatcttgaaattgctgtatcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G60100.1
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G60100.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 16
lower sequence: Vv13s0156g00180.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 17
GTCTCAAAACTTTATGAAGTGGTGCCTCCTATTCTAACCGAGCTGGGAAAGgtactac--ttatactcattcatttc-atgtgctacc-agattttctgattttctctggttttatgaatcttgaaattgctgtatcag------------
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GTTTCAAAGCTTTATGAAGTGGTGCCTCCTATTCTTACTGAGCTTGGCAAGgtattatcattgaaggaaagggtatctaaatattattgagaaatgatgagctaatgtgcaaacctaaaaattaaaaggaaggaaaaaaaaaaaaggaaaa