Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGAAAGTGTCAGCTGGGACCTTAGTTACTGTAACCAATTGGTTATTTGGTTGGATTATCACATACACTTTCAATTTTATGCTAGAATGGAATGCATCAGgtaaatacctagaatataaacatgttattataattctcattattactattatgattctgttattggataattgattgtgttatattgtttactttttaaag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G08930.1
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124774687|gb|EH864816.1|EH864816
EST:     TTGGATTATCACANACACTTTCAATTTTATGCTAGAATGGAATGCATCAG                         GAATGTTCCTCATCTTCTCAATGGT
genomic: TTGGATTATCACATACACTTTCAATTTTATGCTAGAATGGAATGCATCAGgtaaatacct ... ctttttaaagGAATGTTCCTCATCTTCTCAATGGT
EST: gi|125084876|gb|EL144930.1|EL144930
EST:     TACACTTTCAATTTTATGCTAGAATGGAATGCATCAG                         GAATGTTCCTCATCCTCTCAATGGTCTCCGCCAGTTCGATCGTATTTATAT
genomic: TACACTTTCAATTTTATGCTAGAATGGAATGCATCAGgtaaatacct ... ctttttaaagGAATGTTCCTCATCTTCTCAATGGTCTCCGCCAGTTCGATCGTATTTATAT