Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGCTGACTTTTATGATTTTGACGATGACAACAAGgtattcttggataattaattgaatgattgaaggaaaggtttaacgcatactgtggttatgctctgcagtttttcgaatatcgtttcctgatttcttttttaattttgtttggtag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G18620.1
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164203235|gb|ES114496.1|ES114496
EST:     TGACAGTGCTGACTTTTATGATTTTGACGATGACAACAAG                         GATGAGAGCAAGGTGGATTT-AAAAAGATTGTGAGTGAAAATTGGAATGAT
genomic: TGACAGTGCTGACTTTTATGATTTTGACGATGACAACAAGgtattcttgg ... tgtttggtagGATGAGAGCAAGGTGGATTTTAAAAAGATTGTGAGTGAAAATTGGAATGAT
EST: gi|163967498|gb|ES043317.1|ES043317
EST:     ATGACAGTGCTGACTTTTATGATTTTGACGATGACAACAAG                         GATGAGAGCAAGGTGGATTTTAAAAAGATTGTGAGTGAAAATTGGAATGAT
genomic: ATGACAGTGCTGACTTTTATGATTTTGACGATGACAACAAGgtattcttgg ... tgtttggtagGATGAGAGCAAGGTGGATTTTAAAAAGATTGTGAGTGAAAATTGGAATGAT