Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCATACTATTGGCTGTTACATTCCCTGAGTCTCTACATGCCATATGTGTGGGAATATTCACGGTTGAATGTGACAAACACTGTAATGTCCAAGCGTAAGgtgggttaaatactcaacttgcctgtgaacaatgtgttgtattttatgcagagaatcatgctggttgtaacatgtttcttttcttttgctacag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G25350.2
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G25350.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 15
lower sequence: GLYMA20G25120.1 (Glycine max), 5'ss of exon 15
TTCATACTATTGGCTGTTACATTCCCTGAGTCTCTACATGCCATATGTGTGGGAATATTCACGGTTGAATGTGACAAACACTGTAATGTCCAAGCGTAAGgtgggttaaatactcaacttgcctgtgaacaatgtgttgtatt------ttatgcagagaatcatgctggttgtaacatgtttcttttcttttgctacag
 |||||||||||| |||| ||| |  |  |  | |||   || ||||||||||| |||||| ||||||||||  | ||||| || ||||| ||||||||||||    ||  | |   |     ||| || ||| |||||  ||      ||||||  |  ||  |||   |    |  |   | || |  |||| || ||
ATCATACTATTGGTTGTTGCATGCGTTAGGCATTTACCAACCTTATGTGTGGGAGTATTCAAGGTTGAATGTCTCTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAGgtgaagcaacaattttgcacaa-tgt-aataatttgttgagttctattattatgcttatgatt-tgccattccctaactacatattattctttgttaaag

upper sequence: AT1G25350.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 15
lower sequence: Vv01s0011g03740.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 15
TTCATACTATTGGCTGTTACATTCCCTGAGTCTCTACATGCCATATGTGTGGGAATATTCACGGTTGAATGTGACAAACACTGTAATGTCCAAGCGTAAGgtgggttaaa-tactcaac--ttgcctgtgaaca----------atgtgttgtattttatgcagagaatcatgctggttgtaacatgtttcttttcttttgctacag
||||||||| ||| || || || | ||  | || |||   || ||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||||||| |  ||| || | |||  |||    |||| |          |||| ||   ||  ||||| |   |  |     ||||    ||  |    |  ||   |  ||
TTCATACTACTGGTTGATAGATGCACTTGGCCTTTACCAACCTTATGTCTGGGAATACTCACGGTTGAATGTCACTAACACAGTGATGTCAAAGCGTAAGgtgagccaaagtatttaacacttgtgcatgaaaagcttgaaaacatgtattcccttgcatgcaaatgtttttttccattgtt-tgtgactagcattgttgtttgtag

upper sequence: AT1G25350.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 15
lower sequence: Vv15s0021g01230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 15
TTCATACTATTGGCTGTTACATTCCCTGAGTCTCTACATGCCATATGTGTGGGAATATTCACGGTTGAATGTGACAAACACTGTAATGTCCAAGCGTAAGgtgggttaa-atactcaacttgcctgtgaacaatgtgttgtattttatgcagagaatcatgctggttgtaacatgtttcttttcttttgctacag
||| ||||| ||| | ||||||    || |||| |||   || ||||||||||| || || ||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||||||| | | |   | | ||| |   | |   ||| |  |   | |         |  |     |  |   |   ||  |||  | |  || | |||
TTCTTACTACTGGTTATTACATGTGTTGGGTCTTTACCATCCCTATGTGTGGGAGTACTCGCGGTTGAATGTCACTAACACAGTGATGTCAAAGCGTAAGgtgagctgatgcattgaacatctatatatgcaaagcttgaaactaagctttttgtgtttatattttcacatattgactctaatgtgctgttgcag