Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCTCTTATGCTTGTGACATCATTGAATCCTgtaagtctctaaatattaaacttctttgtcaagtcatccatattctcattatgattacaaatgaatttacctcaatgctaattcctcctttaccag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G50950.3
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86080103|gb|DR375860.1|DR375860
EST:     TCTCTTATGCTTGTGACATCATTGAATCCT                         AAAATTGGCTATGACAATGCTGCAGCAGTAGCCAAAAGAGCTCACAAAGAA
genomic: TCTCTTATGCTTGTGACATCATTGAATCCTgtaagtctct ... cctttaccagAAAATTGGCTATGACAATGCTGCAGCAGTAGCCAAAAGAGCTCACAAAGAA
EST: gi|116428257|gb|EG470849.1|EG470849
EST:     TCTCTTATGCTTGTGACATCATTGAATCCT                         AAAATTGGCTATGACAATGCTGCAGCAGTAGCCAAAAGAGCTCACAAAGAA
genomic: TCTCTTATGCTTGTGACATCATTGAATCCTgtaagtctct ... cctttaccagAAAATTGGCTATGACAATGCTGCAGCAGTAGCCAAAAGAGCTCACAAAGAA
EST: gi|86075192|gb|DR370949.1|DR370949
EST:     TCTCTTATGCTTGTGACATCATTGAATCCT                         AAAATTGGCTATGACAATGCTGCAGCAGTAGCCAAAAGAGCTCACAAAGAA
genomic: TCTCTTATGCTTGTGACATCATTGAATCCTgtaagtctct ... cctttaccagAAAATTGGCTATGACAATGCTGCAGCAGTAGCCAAAAGAGCTCACAAAGAA