Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGAAGTATGTCTTGGAGCAAGATAAGGCAGCCTTTGTTCGTTTGATTGGTTTGAGTGTTCTCCAAAGTGGTGCATCTTCTATAATTGCTCCTTCACTAAGgtaatctttcctttttatgcatttttagtgtttcgaagtcccacccgctatgatcaccttgtcacgacttactaaattgctcaatgaattatgttgtttt...

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G39850.1
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G39850.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 14
lower sequence: GLYMA11G38160.1 (Glycine max), 5'ss of exon 15
TGAAGTATGTCTTGGAGCAAGATAAGGCAGCCTTTGTTCGTTTGATTGGTTTGAGTGTTCTCCAAAGTGGTGCATCTTCTATAATTGCTCCTTCACTAAGgta--atctttcctttttatgcatttttagtgtttcgaagtcccacccgcta-tgatcaccttgtcacgacttactaaattgctcaatgaattatgttgtttt
|||||| ||| |||||||| ||||| ||  ||||| |||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||||||||| | |||||||||||  |||||||   |         |   | |  || | |  |||||  |  ||||    | || |   | ||      | |  | ||||  |  || |  ||| || | | 
TGAAGTTTGTTTTGGAGCAGGATAAAGCTTCCTTTATTCGGTTAATTGGTTTAAGTGTTCTTCAAAGTGTTGCATCTTCTTTCATTGCTCCTTCTATAAGgtatagtacaaatccatccaggaccttgatttcttcgatttttcaccactgactggtttacatgcggttgcatg-tgaatttttttatcatgtat-ttatat-