1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
CATCGCACCCCAGAGATGATGTATACATATGCAACCTCAGCTCATAGTCGAGGCGTTCAAGTCATTATTGCAGGTGCTGGTGGTGCTGCTCACTTACCAGgtatgtctttaacatgaactcatcttgtcccctcccacaagattgttactgtaaaataatggattttcttggaaattag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G37690.1 |
intron # | 14 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGCTGGTGGTGCTGCTCACTTACCAG GTATGGTTGCTTCACTCACTCCTTTGCCTGTGATTGGTGTCCCTGTCCGTGEST: gi|86061592|gb|DR357349.1|DR357349
genomic: TGCTGGTGGTGCTGCTCACTTACCAGgtatgtcttt ... tggaaattagGTATGGTTGCTTCACTCACTCCTTTGCCTGTGATTGGTGTCCCTGTCCGTG
EST: AGGCGTTCAAGTCATTATTGCAGGTGCTGGTGGTGCTGCTCACTTACCAG GTATGGTTGCTTCACTCACTCCTTTGCCTGTGATTGGTGTCCCTGTCCGTGEST: gi|86071399|gb|DR367156.1|DR367156
genomic: AGGCGTTCAAGTCATTATTGCAGGTGCTGGTGGTGCTGCTCACTTACCAGgtatgtcttt ... tggaaattagGTATGGTTGCTTCACTCACTCCTTTGCCTGTGATTGGTGTCCCTGTCCGTG
EST: AGGCGTTCAAGTCATTATTGCAGGTGCTGGTGGTGCTGCTCACTTACCAG GTATGGTTGCTTCACTCACTCCTTTGCCTGTGATTGGTGTCCCTGTCCGTG
genomic: AGGCGTTCAAGTCATTATTGCAGGTGCTGGTGGTGCTGCTCACTTACCAGgtatgtcttt ... tggaaattagGTATGGTTGCTTCACTCACTCCTTTGCCTGTGATTGGTGTCCCTGTCCGTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CATCGCACCCCAGAGATGATGTATACATATGCAACCTCAGCTCATAGTCGAGGCGTTCAAGTCATTATTGCAGGTGCTGGTGGTGCTGCTCACTTACCAGgtatgtctttaacatgaactcatcttgtcccctcccacaagattgttactgtaaaataatggattttcttggaaattag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT