1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
ATTCCCTCGAGCTGGCTTTGCAGTTTGGAATGATTATGATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTGgtaacgttacttctagtactattttctcaatgtcatccttagcttttggttttcttgaaaactgaatgtatgtcttacacag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G73020.2 |
intron # | 14 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTG AGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTTEST: gi|86080135|gb|DR375892.1|DR375892
genomic: ATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTGgtaacgttac ... tcttacacagAGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTT
EST: TTATGATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTG AGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTTEST: gi|116436490|gb|EG479082.1|EG479082
genomic: TTATGATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTGgtaacgttac ... tcttacacagAGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTT
EST: GATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTG AGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTTEST: gi|116436480|gb|EG479072.1|EG479072
genomic: GATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTGgtaacgttac ... tcttacacagAGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTT
EST: TTATGATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTG AGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTTEST: gi|116436488|gb|EG479080.1|EG479080
genomic: TTATGATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTGgtaacgttac ... tcttacacagAGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTT
EST: TTATGATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTG AGCAATGTAATGGAAATAAGEST: gi|116436489|gb|EG479081.1|EG479081
genomic: TTATGATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTGgtaacgttac ... tcttacacagAGCAATGTAATGGAAATAAG
EST: TTATGATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTG AGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTTEST: gi|116436474|gb|EG479066.1|EG479066
genomic: TTATGATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTGgtaacgttac ... tcttacacagAGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTT
EST: TTATGATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTG AGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTTEST: gi|116436486|gb|EG479078.1|EG479078
genomic: TTATGATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTGgtaacgttac ... tcttacacagAGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTT
EST: TTATGATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTG AGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTEST: gi|116436481|gb|EG479073.1|EG479073
genomic: TTATGATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTGgtaacgttac ... tcttacacagAGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTT
EST: CTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTG AGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTT
genomic: CTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTGgtaacgttac ... tcttacacagAGCAATGTAATGGAAATAAGAACAAATGCTTTAAAGCTTTTGGTGACACTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATTCCCTCGAGCTGGCTTTGCAGTTTGGAATGATTATGATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTGCCCTTGCTGCAGTGgtaacgttacttctagtactattttctcaatgtcatccttagcttttggttttcttgaaaactgaatgtatgtcttacacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG