Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAAACACATGCCCACTCCAGCTCAATGGACTAACGCATTCAATCCTGCATTTTCGTATTATGTCTACTATTGTTATGCTAACCTCTATGTGTTAAATAAGgtaccattcctcttagtcgcttctgtaactaacttggtgttctcaaaactgtgtaatatggagtaactatttttcttcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G38280.2
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G38280.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 13
lower sequence: GLYMA03G07460.1 (Glycine max), 5'ss of exon 13
AAAACACATGCCCACTCCAGCTCAATGGACTAACGCATTCAATCCTGCATTTTCGTATTATGTCTACTATTGTTATGCTAACCTCTATGTGTTAAATAAGgta-----ccattcctcttagt-cgcttctgtaactaacttggtgttctcaaaactgtgtaatatggagtaactatttttctt-cag-------------
|||||||||||| || || |  ||||||||||| | ||||||||| |||||||| || |||||||| || |||||||| || || |||   ||||| ||||||     |  |||  || | |  |  ||  |   |  ||   | |      |    |  || | | |   ||  || || || | |             
AAAACACATGCCTACACCGGAGCAATGGACTAATGTATTCAATCCAGCATTTTCATACTATGTCTATTACTGTTATGCAAATCTTTATACCTTAAACAAGgtatgtaacttttctcctgaatatgtatcaatttttggctgcttatctattcactctttcaagacgaaaacacgcttctttttactggttatggaaagaa

upper sequence: AT2G38280.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 13
lower sequence: GLYMA01G29470.2 (Glycine max), 5'ss of exon 14
AAAACACATGCCCACTCCAGCTCAATGGACTAACGCATTCAATCCTGCATTTTCGTATTATGTCTACTATTGTTATGCTAACCTCTATGTGTTAAATAAGgtac-cattcctcttagtcgcttctgtaactaacttg---gtgttctcaaaactgtgtaatatggagtaactatttttcttcag----------------
|||||||||||| || || |  ||||||||||| |  |||||||| |||||||| || |||||||| || |||||||| || || ||    ||||| ||||||   |    | |     |  | |||| | |  ||    |  || || |     | |   | | || ||  |   |||||                   
AAAACACATGCCTACACCTGAGCAATGGACTAATGTTTTCAATCCGGCATTTTCATACTATGTCTATTACTGTTATGCAAATCTTTACACCTTAAACAAGgtatgtaactttttctccagaatatgtatcaattttttacggcttatctatttactctttcaagaagaaaacaagcttcttttttactgattatggaaag

upper sequence: AT2G38280.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 13
lower sequence: Vv08s0105g00570.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 13
AAAACACATGCCCACTCCAGCTCAATGGACTAACGCATTCAATCCTGCATTTTCGTATTATGTCTACTATTGTTATGCTAACCTCTATGTGTTAAATAAGgtac---cattcctcttagtcgcttctgtaactaacttggtgttctcaaaactgtgtaata-tggagtaactatttttcttcag----------------
|||||| ||||| ||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||   || || ||||| |   ||| |   |        ||     |||  ||  | ||  || |  ||   |  | |   |    |  |||  ||||                 
AAAACATATGCCTACTCCAGCTCAGTGGACCAATGCTTTCAATCCTGCATTTTCATACTATGTCTACTACTGTTATGCTAACCTCTATACATTGAACAAGgttcgtgcatgcacttagaaaatatcctcccctacttttattttgccatatatgatcaccagtaatgcttttggtttgtttcaacatatggtttgatagt

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164045388|gb|ES201689.1|ES201689
EST:     TTTCGTATTATGTCTACTATTGTTATGCTAACCTCTATGTGTTAAATAAG                         CTTCGAGAGTCAAAGGGCATGACTACTA
genomic: TTTCGTATTATGTCTACTATTGTTATGCTAACCTCTATGTGTTAAATAAGgtaccattcc ... ttttcttcagCTTCGAGAGTCAAAGGGCATGACTACTA
EST: gi|124885678|gb|EH964580.1|EH964580
EST:     TTTCGTATTATGTCTACTATTGTTATGCTAACCTCTATGTGTTAAATAAG                         CTTCGAGAGTCAAAGGGCATGACTACTAT
genomic: TTTCGTATTATGTCTACTATTGTTATGCTAACCTCTATGTGTTAAATAAGgtaccattcc ... ttttcttcagCTTCGAGAGTCAAAGGGCATGACTACTAT