Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTATCACTGTTGCTCAAAGAGTTGCTGATGAGCGCTGTGAACCTCCTCCAGGCTTCGACAACTCTGTGGTTGCTTATCAAGTTCGTCATCAAAATGCAAGgtctgcctctttaattgcatttttctaacgttttatgagctcatttcactgtgttctgcttgtatgcctttttatcgctatgtggcttgcaatggatgattagaagcatttcttcttttttatctatgttttggtagaatggaattgtgaagttttattttggcgtaatgttatttccttgtgtacttgttcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G58050.1
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G58050.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 13
lower sequence: Vv12s0035g00800.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 13
CTATCACTGTTGCTCAAAGAGTTGCTGATGAGCGCTGTGAACCTCCTCCAGGCTTCGACAACTCTGTGGTTGCTTATCAAGTTCGTCATCAAAATGCAAGgtctgcctctttaattgcatttttctaacgttttatgagctcatttcactgtgttctgcttgtatgcctttttatcgctatgtggcttgc-aatggatgattagaagcatttcttcttttttatctatgttttggtagaatggaattgtgaagttttattttggcgtaatgttatttccttgtgtacttgttcag
||||  |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |  ||    |||||||||| |||||||||||||| | | | ||||||||  |    |||  || |   | | |    ||||         ||| | |  | | | |    |      ||| | ||| |     |||  ||  |   || |                                                                                            
CTATTTCTGTGGCTGAAAGGGTTGCTGATGAGCGCTGTGAACCTTCACCAGGTTCAGATGGTTCTGTGGTTGGTTATCAAGTTCGTCTTGATAGTGCAAGgt--gttcatttgcttccgcctctttttgcttttgaatatatgtttaaata-gatttaccaagagaagcatttctggctttcatttttgttaaaaggaaatca--------------------------------------------------------------------------------------------