Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGATTTGAGTGACAATGAGCTTGTTGGTCCTATCCCACCGATACTTGGCAATCTCTCATTTACCGGAAAGTTgtgagtcttttttgtataactgtagtatctcatatgttcagctaatcagctcttggcatatgcattgataccttttttttttgttgaaatag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G62230.2
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86063079|gb|DR358836.1|DR358836
EST:     GTTGGTCCTATCCCACCGATACTTGGCAATCTCTCATTTACCGGAAAGTT                         GTATCTCCATGGCAATATGCTCACTGGTCCAATCCCCTCTGAGCTTGGGAA
genomic: GTTGGTCCTATCCCACCGATACTTGGCAATCTCTCATTTACCGGAAAGTTgtgagtcttt ... gttgaaatagGTATCTCCATGGCAATATGCTCACTGGTCCAATCCCCTCTGAGCTTGGGAA
EST: gi|86063083|gb|DR358840.1|DR358840
EST:     GTTGGTCCTATCCCACCGATACTTGGCAATCTCTCATTTACCGGAAAGTT                         GTATCTCCATGGCAATATGCTCACTGGTCCAATCCCCTCTGAGCTTGGG
genomic: GTTGGTCCTATCCCACCGATACTTGGCAATCTCTCATTTACCGGAAAGTTgtgagtcttt ... gttgaaatagGTATCTCCATGGCAATATGCTCACTGGTCCAATCCCCTCTGAGCTTGGG