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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTGTTTTAAAGGATGAAAGTGATATTGATCCCAATGATCAAAACTCAATTCTGGAACACTTGGATAAAGTGgtacctattccctcttctcatagttcatgtggatatcttttctcctgccctttttgaataaccagtcactgaatgtctctactaatatctacaaaattgttag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G54260.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G54260.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA14G12420.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
ATTGTTTTAAAGGATGAAAGTGATATTGATCCCAATGATCAAAACTCAATTCTGGAACACTTGGATAAAGTGgtacctattccctcttctcatagttcatgtggatatc-ttttctcctgccctttttgaataaccagtcactgaatgtctctactaatatct-acaaaattgttag----------------------------------------------
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GTTATACTAAAAGATAAGTCGGATATTGATCCCAATGATCAAAGTTCTATTCTTGAACACCTAGACAAAGTGGTATgtggg---tttcttaatattggatgaaaattttgttgtttcctggccatataatttgttgtgtccttttggttgcttacaaacttcttgtgggagagaccaacctaggtctcttttgaccatagtcttcctctttggttcctcatag