Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   
16  
 5'  3'   
17  
 5'  3'   
18  
 5'  3'   
19  
 5'  3'   
20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   
22  
 5'  3'   
23  
 5'  3'   
24  
 5'  3'   
25  
 5'  3'   
26  
 5'  3'   
27  
 5'  3'   
28  
 5'  3'   
29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATCTGTCCCATACTTGAAGGGTGATTCACCAAGTCTACTTGATGAATTTGTACCTAAAATTACAGAGGGTTTTATCATCTCCAGATTCAATTCTGTGCAGgtatataacatcacttattctggaggattgccagtactgacttgtagtttttctttgatattttcctatttgaaatcccctttccag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G06120.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G06120.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 12
lower sequence: Vv13s0067g01920.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
ATCTGTCCCATACTTGAAGGGTGATTCACCAAGTCTACTTGATGAATTTGTACCTAAAATTACAGAGGGTTTTATCATCTCCAGATTCAATTCTGTGCAGgtatat-aacatc--acttattctggaggattgcca-gtactgacttgtagtttttctttgatattttcctatttgaaatcccctttccag
|||||| ||||| |||||||||||| | ||||| | || ||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||| || ||||| | ||||||||||||||| ||| | | || || | | || || | |||| || | ||| |||| | || ||||| | ||| ||
ATCTGTACCATATTTGAAGGGTGATGCTCCAAGCTTGCTGGATGAATTTGTGCCTAAGATTACTGAAGGTTTTATCACATCTAGATTTGACTCTGTGCAGgtatattgacaaccaattttttttttggcgctggcatattctgattt-cactttaaaattgaaaattat-tattttctgatgcttttatag