Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GACCCACAAGTTGTCACCGGATCCCATGACACGACCATTAAATTTTGGGACCTTCGATATGgtatatcttatcattgtaaccattgtttggacttaaaatccatattatttaaatccttccttatttgattatcagttgctgcaaatatatggtttcatttgaataatgctgtattattattatatgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G15900.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G15900.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 12
lower sequence: Vv05s0077g02310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
GACCCACAAGTTGTCACCGGATCCCATGACACGACCATTAAATTTTGGGACCTTCGATATGgtatatcttatcattgtaacca--ttgtttggacttaaaatccatattatttaaatccttccttatttgattatcagttgctgcaaatatatggtttcatttgaataatgctgtattattattatatgcag
|| ||||||||||| || || ||||| ||||| |||||||| || ||||||||| |||||||||  | ||||  |||  |     ||| ||    |||   |   | || ||| | |||||||   ||||        ||||| |     |   |                                     
GATCCACAAGTTGTAACTGGCTCCCACGACACAACCATTAAGTTCTGGGACCTTAGATATGgtaatttttatttttgggattgatttggtttatgttaggtt--gttttttttcagtccttccagttttggcatatgattgctcctgtcttgcag-------------------------------------