Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATATACATGCCTGCTAGAAAGACTGGAGAGGAAATGAACTTCACATACGTCGAGTGTTTGTTGTATGCGTTTCATCACCTTGCCCACAAGgttgccaacgacttcttattttgtgatttatcccgttctcttttttttcttccttgttttacttatctgattatgttatatatatag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G34040.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164027074|gb|ES116848.1|ES116848
EST:     TTTGTTGTATGCGTTTCATCACCTTGCCCACAAG                         GTTCCAAATGCTACAAACAGCTTGTGTGGGTACAAGATTGTGACCGGCCAG
genomic: TTTGTTGTATGCGTTTCATCACCTTGCCCACAAGgttgccaacg ... atatatatagGTTCCAAATGCTACAAACAGCTTGTGTGGGTACAAGATTGTGACCGGCCAG
EST: gi|164234934|gb|ES055917.1|ES055917
EST:     GTTTGTTGTATGCGTTTCATCACCTTGCCCACAAG                         GTTCCAAATGCTACAAACAGCTTGTGTGGGTACAAGATTGTGACCGGCCAG
genomic: GTTTGTTGTATGCGTTTCATCACCTTGCCCACAAGgttgccaacg ... atatatatagGTTCCAAATGCTACAAACAGCTTGTGTGGGTACAAGATTGTGACCGGCCAG
EST: gi|124729188|gb|EH820590.1|EH820590
EST:     TCACATACGTCGAGTGTTTGTTGTATGCGTTTCATCACCTTGCCCACAAG                         GTTCCAAATGCTACAAACAGCTTGTGTGGGTACAAGATTGTGACCGG
genomic: TCACATACGTCGAGTGTTTGTTGTATGCGTTTCATCACCTTGCCCACAAGgttgccaacg ... atatatatagGTTCCAAATGCTACAAACAGCTTGTGTGGGTACAAGATTGTGACCGG